В качестве исследуемого протеома взяла протеом бактерии Pseudomonas syringae pv. syringae (индификатор этого протеома - UP000000426), а в качестве контрольного протеома был выбран протеом бактерии Pseudomonas syringae pv. tomato (индификатор этого референсного протеома - UP000002515). Обе бактерии относятся к одному роду и являются паразитами растений, при этом Pseudomonas syringae pv. syringae поражает сирень, а Pseudomonas syringae pv. tomato - томаты. Бактерия Pseudomonas syringae pv.syringae демонстрирует на растениях очень выраженную эпифитную фазу. Бактерия активно размножается, и тем самым поддерживаются большие популяции на здоровых растениях, где они подвергаются стрессовым условиям, таким как засуха и солнечный свет. Pseudomonas syringae pv. syringae может также проникнуть в растение, то есть может использовать как минимум две среды обитания: поверхность растения и апопласт. В отличии от Pseudomonas syringae pv. syringae Pseudomonas syringae pv. tomato слабо заселяет внешнюю поверхность растений.
Общие количество белков у Pseudomonas syringae pv. syringae составляет 5071. У Pseudomonas syringae pv. tomato насчитывается 5431 белков.
Протеом Pseudomonas syringae pv. syringae имеет высокую оценку BUSCO (C:100%, S:100%, D:0%, F:0%, M:0%) и оценку CPD Standard. Протеом Pseudomonas syringae pv. tomato также имеет высокую оценку BUSCO (C:99.6%, S:99.6%, D:0%, F:0%, M:0.4%), но CPD имеет значение Close to standard (low value).
протеом бактерии Pseudomonas syringae pv. syringae скачивался при помощи команды wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000000426' -O UP000000426.swiss.gz
протеом бактерии Pseudomonas syringae pv. tomato скачивался при помощи команды wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000002515' -O UP000002515.swiss.gz
Для оценки доли трансмембранных белков делала следующий запрос в базе данных UniProtKB: (proteome:UP000000426) AND (keyword:KW-0812) и (proteome:UP000002515) AND (keyword:KW-0812) для Pseudomonas syringae pv. syringae и Pseudomonas syringae pv. tomato соответственно. Доля трансмембранных белков у Pseudomonas syringae pv. syringae составляет 20,8% (1058 белков из 5071). Доля трансмембранных белков у Pseudomonas syringae pv. tomato составляет 19,9% (1081 белков из 5431).
Для оценки доли ферментов делала следующий запрос в базе данных UniProtKB: (proteome:UP000000426) AND (ec:*) и (proteome:UP000002515) AND (ec:*) для Pseudomonas syringae pv. syringae и Pseudomonas syringae pv. tomato соответственно. Доля ферментов у Pseudomonas syringae pv. syringae составляет 23,8% (1207 белков из 5071). Доля ферментов у Pseudomonas syringae pv. tomato составляет 18,7% (1021 белков из 5431).
Для оценки доли гидролаз делала следующий запрос в базе данных UniProtKB: (proteome:UP000000426) AND (ec:3) и (proteome:UP000002515) AND (ec:3) для Pseudomonas syringae pv. syringae и Pseudomonas syringae pv. tomato соответственно. Доля гидролаз у Pseudomonas syringae pv. syringae составляет 4,8% (246 белков из 5071). Доля гидролаз у Pseudomonas syringae pv. tomato составляет 3,6% (199 белков из 5431).
Возможно, наличие большего количества ферментов и гидролаз у Pseudomonas syringae pv. syringae, чем у Pseudomonas syringae pv. tomato, связано с тем, что большее количество ферментов позволяет лучше приспосабливаться к различным субстратам, что необходимо Pseudomonas syringae pv. syringae, поскольку данная бактерия обитает не только на поверхности листьев, но и в апопласте, а большее разнообразие гидролаз нужно для катализирования гидролиза большего числа питательных веществ, которых больше в связи с разнообразием сред обитания.
Для поиска белков, отвечающих за вирулентность бактерий, делала следующий запрос в базе данных UniProtKB: (proteome:UP000000426) AND (keyword:KW-0843) и (proteome:UP000002515) AND (keyword:KW-0843) для Pseudomonas syringae pv. syringae и Pseudomonas syringae pv. tomato соответственно. Было найдено 14 белков, отвечающих за вирулентность, у Pseudomonas syringae pv. syringae, и было найдено 17 белков, отвечающих за вирулентность, у Pseudomonas syringae pv. tomato. Можно предположить, что Pseudomonas syringae pv. tomato способна нанести больший ущерб томатам, чем Pseudomonas syringae pv. syringae, котоая поражает сирень (большее число белков, отвечающих за вирулентность, у Pseudomonas syringae pv. tomato способствуют её лучшему приспособлению к паразитизму).