Практикум 9

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

**Таб. 1.** Результаты глобального парного выравнивание, полученные с помощью программы needle.

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

**Таб. 2.** Результаты локального парного выравнивание, полученные с помощью программы water.

Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

**Таб. 3-4.** Результаты глобального и локального парного выравнивание негомологичных белков.

По низкому весу выравнивания, большому количеству гэпов и низкому проценту идентичности и сходства можно понять, что анализируемые белки не являются гомологичными.

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Искала все белки, которые имеют мнемонику AROA(3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase).Таких в Swiss-Prot нашлось 654. Выбрала следующие белки:

AROA_PETHY

AROA_MYCTU

AROA_STRPN

AROA_COXBU

AROA_AGRSC

Выравнивание проводилось полностью с помощью Jalview: использовались Fetch sequences и Muscle with Defaults. Колонки выравнивания были окрашены по проценту идентичности (Percentage Identity).

файл с проектом Jalview

Судя по множественному выравниванию, можно предположить, что выбранные белки гомологичны, но претерпели множество локальных мутаций, так как крупных выравненных участков не наблюдается. Программа показала несколько более консервативных участков: 92-100, 176-183, 209-210, 255-264, 299-300, 331-345, 376-378, 444-456, 497-499.