Для выполнения данного задания отобрала две нуклеотидные последовательности, сделав запрос на сайте NCBI в разделе Nucleotide.
Запрос был следующий: Complete genome[Title] AND "Staphylococcus"[Organism] AND refseq[filter].
Выбрала последовательности Staphylococcus aureus (NZ_CP120652.1) и Staphylococcus pseudintermedius (NZ_CP119705.1).
Построила карты локального сходства для данных последовательностей за счёт 2 алгоритмов BLAST: Megablast и BLASTN (в обоих случаях построения карт параметры не меняла).
Из Рис. 1 и Рис.2 видно, что карта, построенная алгоритмом Megablast, не позволяет увидеть перестройки между последовательностями, карта алгоритма BLASTN более имнформативна, по ней и будет сравнение геномов.
1. Для построения карты был взят один и тот же тип цепи, т.е. данные последовательности не являются комплементарными цепями (пряма "идёт" слева направо).
2. Поскольку исследовали бактериальные геномы, каждый из которых представлен кольцевой хромосомой, на карте видно, что в качестве начала у последовательностей были выбраны разные точки на хромосомах, что произошло за счёт разрезания этих кольцевых хромосом в разных местах.
3. В зоне, отмеченной голубым, произошла либо делеция в боковой цепи, либо инсерция в нижней цепи.
4. Участок, отмеченный буквой В для обоих цепей, является вариабельным (неконсервативным) участком, потому что в этом месте нет прямой.
5. Также на карте много точек и небольших штрихов, они подразумевают повторы в обеих последовательностях.
Также моё предположение: в зоне 1 произошла дупликация для обоих цепей, потому что затем для нижней цепи участок 2 из зоны 1 перестроился в зону 3 и для боковой цепи участок 4 из зоны 1 инвертировался и перестроился в зону 5 (при этом участки 2 и 4, образовавшиеся из зоны 1, состоят только из одного типа нуклеотидов, потому что участок 4 - это инвентированный участок 2 и карта показывает, что они индентичны, несмотря на произошедшую инверсию). Если это так, то данная перестройка могла быть направлена на то, чтобы изменить характеристику, свойственную обоим видам, из-за изменившихся условий, в которых обитали оба вида, чтобы оба вида могли выжить в новых условиях за счёт разных приспособлений.