Практикум 2

Задание 1

Построила модели структур A-, B- и Z-формы ДНК (из 5-кратного повторения GATC) с помощью инструментов пакета 3DNA. Ссылки на модели данных структур: A-форма ДНК, B-форма ДНК, Z-форма ДНК.

Задание 2

Буду рассматривать B-форму ДНК. Из PDB беру структуру 1BNA. Возьму 8-й тимин (DT-8).

В сторону большой бороздки обращены атомы N3, C4, O4, C5, C7.

В сторону малой бороздки обращены атомы N1, C2, O2, C6.

**Рис. 2.** 8-й тимин из структуры 1BNA. Красным выделены атомы, обращенные в большую бороздку, синим - атомы, обращенные в малую бороздку.

Табл. 1. Характеристики форм ДНК на основе экспериментальных моделей из PDB.

**Небольшое пояснение к таблице.** Для Z-формы ДНК предложенная из PDB структура 1tne слишком короткая для определения данных характеристик, и сгенерированная программой fiber Z-форма тоже короткая, поэтому использовала сгенерированную c 10-кратным повторением GATC Z-форму ДНК, чтобы было легче охарактеризовать данную форму ДНК.

Задание 3

Упражнение 2

Изучила следующую структуру тРНК из PDB - 1EIY. При помощи команд:

1) wget "https://files.rcsb.org/download/1EIY.pdb" -O "1EIY.pdb"

2) remediator --old ''1EIY.pdb'' > ''1EIY_old.pdb

3) find_pair -t 1EIY_old.pdb stdout | analyze

был получен файл, в одном из разделов которого ("RMSD of the bases (----- for WC bp, + for isolated bp, x for helix change)") можно найти основную информацию о стеблях, неканонических парах оснований и дополнительных водородных связях.

Номера нуклеотидов, образующих стебли во вторичной структуре заданной тРНК:

1-7 (компл.: 72-66)

49-53 (компл.: 65-61)

39-44 (компл.: 31-26)

10-13 (компл.: 25-22)

7 неканонических пар оснований в структуре тРНК:

44G-A26

14A-U8

15G-C48

16U-U59

18G-U55

73A-C74

45U-A9

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:

15G-C48

16U-U59

18G-U55

19G-C56

73A-C74

45U-A9

Данные нуклеотиды не входят в состав стеблей.