С помощью команды программы einverted из пакета EMBOSS (einverted -sequence 1EIY.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout) ищу инвертированные участки нуклеотидных последовательностей. При заданных параметрах находился один стебель, поэтому я уменьшала значение threshold, но даже при значении 0 оставался всего один стебель:
Score 21: 7/7 (100%) matches, 0 gaps
1 gccgagg 7
72 cggctcc 66
С помощью алгоритма Зукера построила возможную вторичную сткрутру тРНК.
