Я выбрала снежного барса, потому что хотела рассказать о ком-то из семества Felidae (Кошачьи). Перед тем, как кого-то выбрать в качестве объекта изучения, вспомнила милую новогодную рекламу с котиком, и только потом пришла мысль о снежном барсе.
Снежного барса также называют снежным леопардом (англ. snow leopard) или ирбисом. Латинское название - Panthera uncia. Ареал обитания снежного барса охватывает горные районы Центральной и Южной Азии. Его можно встретить в России: в Красноярском крае, Хакасии, Туве, Республике Алтай, Бурятии, в горах Восточного Саяна.
23 октября отмечается Международный день снежного барса.
У снежного барса 38 хромосом (подразумевается диплоидный набор), как и у остальных представителей семейства Кошачьи.
поисковый запрос: Panthera uncia
количество найденных сборок: 2
уровень референсной сборки: Chromosome (то есть в базе существует собранная последовательность хотя бы 1 хромосомы, при этом последовательности хромосом могут быть собраны без гепов или из скаффолдов/контигов с гепами между ними)
Референсная сборка - та, которая была выбрана вручную как сборка высокого качества, чтобы её можно было применять как стандарт.
Небольшие пояснения к таблице:
Contig N50 - максимальная длина контига такая, что суммарная длина всех контигов, не короче данного, составляет половину всех нуклеотидов сборки.
Contig L50 - минимальное число контигов, чья суммарная длина составляет половину всех нуклеотидов сборки.
Аналогично для Scaffold N50 и Scaffold L50 соответственно.
Данная геномная сборка полностью не отражает информацию о геноме снежного барса, так как были собраны последовательности только 12 хромосом включая одну половую Х-хромосому (последовательностей ещё 7 других хромосом и Y-хромосомы нет). Также есть последовательность митохондриальной хромосомы (см. Рис. 4.).
Были скачаны файлы из базы Refseq через сайт NCBI FTP (web-страница с этими файлами)
файлы находятся на Google-диске, так как на сервере не хватило для них места
GCF_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_genomic.fna.gz - файл с нуклеотидными последовательностями генома (в формате FASTA)
GCF_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_protein.faa.gz - файл с последовательностями белков (в формате FASTA)
GCF_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_genomic.gbff.gz - файл с последовательностями генома с аннотацией (GBFF)