Практикум 2

Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев

Рис. 1. Филогенетическое дерево, полученное программой fastme по модели p-distance.
Рис. 2. Филогенетическое дерево, полученное программой fastme по модели MtREV.
Рис. 3. Филогенетическое дерево, полученное программой iqtree.
Рис. 4. Дерево, построенное с помощью сервиса iTOL (из практикума 1).

Сравнение деревьев

Сразу видно, что деревья, построенные с помощью одной программы (fastme), но по разным моделям, одинаковы (смотри Рис. 1-2.). Если сравнивать, эти деревья с деревом, нарисованным по таксономии (смотри Рис. 4.), то ошибки в реконструции следующие: DELDE был помещён в кладу вместе с PROCA и LOXAF, хотя он должен быть помещён в кладу, соседную для PROCA и LOXAF, если смотреть на дерево, построенное по таксономии (смотри Рис. 4.); если смотреть на 3 последние ветви, то VULLA и PANTS были поменяны местами в одной общей кладе.

При реконструкции дерева с помощью программы iqtree были допущены следующие ошибки: 1. клада с PROCA и LOXAF была помещена в кладу с VULLA, PANTS, PUSHI, хотя по таксономии (смотри Рис. 4.) это две разные, отдалённые клады; 2. как и в реконструкции двух предыдущих деревьев, VULLA и PANTS были поменяны местами в одной общей кладе (смотри 3 последние ветви); 3. DELDE был помещён в отдельную от VULLA, PANTS, PUSHI кладу, а не в общую.