Функция: Участвует в транспорте мальтозы и мальтодекстринов, необходим для транслокации мальтодекстринов, содержащих более трёх глюкозильных фрагментов.
Рис. 1. Мальтодекстрин.
Трансмембранные участки
Последовательность мальтопорина для DeepTMHMM была взята из PDB.
Также результат работы DeepTMHMM можно посмотреть здесь.
Рис. 2. Графическая выдача DeepTMHMM для мальтопорина. Верхнее изображение показывает наиболее вероятную топологию белка,
второе изображение показывает эту же топологию, но дополненную данными о достоверности работы DeepTMHMM. Красным изображены трансмембранные участки, зеленым - участки в периплазме,
синим - участки в наружной среде, желтым - сигнальная последовательность белка.
Вывод о работе программы DeepTMHMM
Программа предсказала все 18 трансмембранных участков практически идеально, у большинства участков есть небольшие смещения их границ (буквально на 1-2 аминокислоты), но существенная сложность возникла с
началом последовательности белка: участок с 1-10 аминокислоты был распознан как сигнальный, 11 аминокислота - как участок в периплазме (смотри результат работы DeepTMHMMздесь
или выше - там то же самое).
Сравнение предсказаний трансмембранных участков в альфа-спиральном белке
Функция: является неселективным Са2+-проницаемым каналом, активируемым NAADP (адениндинуклеотидфосфатом никотиновой кислоты), и является высокоселективным для инов Na+
каналом, активируемым непосредственно PI(3,5)P2 (фосфатидилинозитол 3,5-бисфосфатом); улавливает изменения рН и придает органеллам электрическую возбудимость, играет роль в поглощении и обработке белков
и также регулирует гомеостаз pH.
*Политопы, или политопические белки - белки, полностью пронизывающие мембрану и, таким образом,
взаимодействующие с обеими сторонами липидного бислоя.
Последовательность TPC1 для DeepTMHMM была взята из PDB. Хотя белок состоит из 2 цепей, обе цепи имеют одинаковые
аминокислотные последовательности, поэтому не пришлось выбирать конкретную цепь.
Также результат работы DeepTMHMM можно посмотреть здесь.
Рис. 5. Графическая выдача DeepTMHMM для TPC1. Верхнее изображение показывает наиболее вероятную топологию белка,
второе изображение показывает эту же топологию, но дополненную данными о достоверности работы DeepTMHMM. Красным изображены трансмембранные участки, розовым - участки внутри белка,
синим - участки снаружи от белка.
Вывод о работе программы DeepTMHMM
Программа предсказала все 12 трансмембранных участков, но не так хорошо, как это было с предыдущим белком, смещения границ у участков стало больше, например, у 10 участка правая граница уменьшена
на 12 аминокислот, но, наверное, в общем это довольно неплохое предсказание трансмембранных участков, да, какие-то границы смещены, зато все участки были обнаружены.
