Торсионные углы десятого а.о.

На главную

На первый семестр

Таблица. Измерение торсионных углов остатка Ser44 в белке SACB_BACSU, цепь А

Название двугранного угла	Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома)	Данный угол описывает поворот вокруг связи	Результат измерения с помощью RasMol
φ	ILE43:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А. Деcятый аминокислотный остаток данной структуры не соответствует десятому а.о. белка) SER44:A.N (азот серина(принадлежащий аминогруппе)) SER44:A.CA (&alpha углерохный атом серина) SER44:A.C(карбонильный атом серина)	N₄₄ - C^&alpha₄₄	-83,67
ψ	SER44:A.N SER44:A.CA SER44:A.C HIS45:A.N (азот гистидина (принадлежащий аминогруппе))	C^&alpha₄₄ - C₄₄	163,66
ω	SER44:A.CA SER44:A.C HIS45:A.N (азот из аминогруппы гистидина) HIS45:A.CA (&alpha углерод гистидина)	C₄₄ - N₄₅	-174,93

Вычисление угла &phi

Карты Рамачандрана:

Для всех остатков белка

Для всех остатков глицина

Для всех остатков в бета-тяжах

Для всех остатков в альфа-спиралях

Cтоит отметить, что:

Для аминокислотных остатков белка в целом характерны значения углов &psi 100-180 и -55-60 градусов. Для первого "скопления" а.о. характерны углы &phi -180 - -40, для второго -120 - -40 градусов.
Для остатков альфа-спиралей: у многих а.о. угол &psi -50 - -5, a &phi - -90 - -50 градусов.
Для остатков бета-листов: &psi: -180 - -100, &phi: -180 - -40.
Для остатков глицина: &psi: -25 - +20, &phi: 100 - 110.

© Братцева А.Л.