Атомы нуклеотида с16.А в разных формах, обращенные в сторону малой бороздки- синие, в сторону большой – красные.
| A | B | Z | ||
| &alpha | -167,53 | -29,89 | -29,93 | |
| &beta | 174,79 | 136,38 | 113,83 | |
| &gamma | 41,73 | 31,1 | 48,87 | |
| &delta | 79,05 | 143,42 | 137,34 | |
| &epsilon | -147,78 | -140,71 | -132 | |
| &zeta | -75,1 | -160,52 | -179,98 | |
| &chi | -157,19 | -97,96 | -106 |
Ниже в таблицах представлены торсионные углы ДНК-структуры 1BY4. Красным выделены значения, наиболее отличающиеся от средних. Наиболее нетипичный нуклеотид - 24Т во второй цепи: больше, чем у других нуклеотидов от среднего отклоняются значения 2 углов.
Cтруктура 2dxi, по-видимому, представлена в В-форме и содержит разрывы: например, между O3’ [i] и P [i+1] (согласно файлу RNA.out, полученному командой find pair | analyze .
| A-форма | B-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Л | П | Л |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 33,23 | 25,61 |
| Число оснований на виток | 8 | 10 | 7 |
| Ширина большой бороздки | T15:A -A26:B - 12,39 | А30:В - Т7:А - 17,81 | C14:A-T35:B - 16,24 |
| Ширина малой бороздки | T11:A - G25:B - 8,41 | Т11:А - 135:В - 13,76 | T7:A-A38:B - 11,82 |
Стекинг-взаимодействия в 2dxi с наибольшей площадью перекрывания.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 53 | 0 | 53 |
| остатками фосфорной кислоты | 0 | 45 | 45 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 9 | 22 | 31 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 0 | 1; |
На основании таблицы видно, что ДНК и белок немного более склонны образовывать нееполярные контакты, чем полярные. На рисунке изображены две аминокислоты из цепи В белка: Gln1306 и Lys1256. Первая имеет 2 контакта: с дезоксирибозой аденина 1503 и его остатком фосфорной кислоты. лизин связан с гуанином 1504 водородной связью с участием азота из аминогруппы лизина.Из цепи В это одна из наиболее значимых аминокислот, т.к. образует последний контакт имеющейся цепи.
Ниже в таблицы приведены пары нуклеотидов, образующие стебли в тРНК 2DXI. В этой структуре присутствуют 16 не Уотсон-Криковских пар оснований, например, 555U -518 G, 513U - 522G и др.Есть также дополнительные водородные связи между основаниями. В цепи С - 519G - 556C, 520U - 548C, в D - 549G -565C, 555U - 518G, 519G - 556C,514A - 508U, 520U - 548C.
| Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | C: 5' 501-507 3' 5' 566-572 3' Всего 7 пар, аналогично в D. |
- | |
| D-стебель | 5'549-554 3'; 5'558-565 3' |
- | |
| T-стебель | 5' 539-544 3' 5' 526 - 531 3' В D 538 вместо 539. |
5 из 6 | |
| Антикодоновый стебель | 5' 510-513 3' 5'522-525 3' |
||
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 40 | 15 |
Результаты, полученные по алгоритму Зукера.