Четвертый семестр

Филогенетические деревья бактерий и белков: продолжение

Реконструкция с помощью retree

Укоренение произошло в ветвь, отделяющую FINM, CLOTE и CLOB1 от остальных.
Дерево, построенное методом максимальной экономии, нельзя было использовать, так как максимальная экономия исключает используемую здесь идею молекулярных часов.
Дерево UPGMA так же не применимо, так как оно уже укорененное.

Выделение внешней группы

Кроме того, что появился лист E. coli, GEOKA и BACSU "поменялись местами". Теперь вместе выделяются GEOKA и BACAN, a BACSU - отдельно от них.

Бутстрэп-анализ

Дерево оказалось аналогичным предыдущему.Поддержка ветвей, не получивших большинства, меньше 50. Среди них есть верные, так как полученное дерево отличается от правильного, следовательно, какие-то ветви из правильного выпадают.Выдача программы такова: