Четвертый семестр

Эволюционные домены

Для работы были выбраны следующие последовательности: по 10 для каждой архитектуры. Все принадлежат эукариотам.

Первая архитектура (красным) включает два домена: PF02435 (Глико_гидро_68 - левансахараза/инвертаза); PF00746 (грам-положительный якорь). Длина доменов, как правило, около 38-80, но есть исключения. Последовательности принадлежат 5 видам.

Вторая архитектура (зеленым) включает только PF02435, длиной от 400 до 600. Последовательности принадлежат 2 видам.

PF02435 в PFAM

Выравнивание последовательностей

Последовательности и архитектуры достаточно далеки друг от друга; нет никаких оснований предполагать, что домены как-то объединились. С построением дерева возникли проблемы: fprotdist некоторые расстояния вычислила как отрицательные.