Белки, содержащие &alpha-спирали, могут обладать хорошо структурированным участком (где каждая спираль четко видна по отдельности (а0d),
и участками, где спирали спутаны, например, 2a06.
"Спутанных" уастков может и не быть, e.g., 3a0b.
Белки, содержащие &beta-баррели, как бы сложены в цилиндры, образованные &beta-тяжами. Могут быть три тесно связанных "цилиндра" (1aos)
или два слабо связанных (3aeh), 3bs0 - один "цилиндр".
| PDB код | Число цепей | Тип
(спираль, баррель) |
Число трансмембранных участков в цепи | Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) |
(*) Толщина мембраны в ангстремах
(расстояние между атомами на границах трансмембранных участков |
| 1bxw | 2 | Баррель | 8 | В среднем - 12, min - 11, max - 18. | 56,63 |
| 1а91 | 1 | Спираль | 2 | 21 | 35,82 |
Примечательно, что в этих двух случаях сильно различается толщина мембраны. У белка с баррелем только два трансмембранных участка, и мембрана в этом случае гораздо тоньше.
Cтруктура белка 2qts - гомолога Q7T1N4, который предстоит исследовать.
Поиск по Uniprot дал следующую информацию о данном белке, содержащем 522 а.о.
Участки:
Выдача TМHMM.
Выравнивание белка ACCN2_OPSTA и его гомолога
Малиновым выделены границы трансмембранных спиралей: 45-68 и 425-451.
| Число а.к. остатков | |
| Всего а.к. остатков в последовательности | 522 |
| Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего) | 23 |
| Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP) | 23 |
| Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP) | - |
| Правильно не предсказали (не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN) | 1-44, 69-424, 452-522 (471) |
| Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN) | 425-451 (27) |
| Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0,46 |
| Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 1 |
| Точность(precision) = TP /(TP+FP) | 1 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0,05 |
Во многом разные способы предсказания оказались схожи, например любым способом находится сегмент 45-67.
Вообще, можно сказать, что у белка ACCN2_OPSTA по два внутриклеточных и трансмембранных участков виде спирали и один внеклеточный участок.
В выравнивании их границы обозначены малиновым.