Шестой семестр

Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Сначала создадим smiles-аннотацию мономера с заглушкой в виде СН3: СС(О)С.
Получаем файл half.pdb на основе этой аннотации.
Запускаем скрипт Ante-RED.pl. Получаем файл half-out.p2n, который переименовываем в Mol-red1.p2n и добавляем информацию о заглушке: REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R.
После этого можно запускать скрипт RED-vIII.4.pl. Получим файл Mol_m1-o1-sm.mol2 , из которого получаем информацию о зарядах, которую добавляем в описание остатка egl в файле aminoacids.rtp.
Аналогично, с помощью Ante-Red'а создаем файл dimet-out.pdb . В этом файле нужно изменить названия остатков с LIG на EGL, дать атомам такие же имена, как в файле aminoacids.rtp. Так как это файл для димера, половина атомов будут принадлежать остатку EGL1, а остальные - EGL2.

Следующий этап - подготовка системы к МД - состоит из следующих шагов:

  1. export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA
    export PATH=/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin:${PATH}
  2. pdb2gmx -f dimet-out.pdb -o dimet -p dimet -ff amber99sb -water tip3p
  3. editconf -f dimet.gro -o dimet_ec -d 1
  4. grompp -f em -c dimet_ec -p dimet -o dimet_em -maxwarn 1
  5. mdrun -deffnm dimet_em -v
  6. genbox -cp dimet_em -p dimet -cs -o dimet_s
  7. grompp -f em -p dimet -c dimet_s -o dimet_s
  8. grompp -f pr -c dimet_s -p dimet -o dimet_pr -maxwarn 1
  9. mdrun -deffnm dimet_pr -v
  10. grompp -f md -c dimet_pr -p dimet -o dimet_md -maxwarn 1
  11. mdrun -deffnm dimet_md -v

Теперь можно запускать скрипт .