MOPAC

Структура порфирина в разных приближениях

Структура, полученная с помощью obgen (без двух удаленных водородов)
Структура, полученная с помощью оптимизации pm6
Структура, полученная с помощью AM1

Как видим, на первый взгляд эти структуры очень близки, хотя obgen давал лишние водороды.
И при наложении obgen (малиновый) и pm6 (зеленый) не совсем совпадают:

Разные варианты оптимизации тоже отличаются. Am1 обозначен розовым, а pm6 - голубым.

Возбужденные состояния порфирина

Заряженная и не заряженная молекулы

Снова получаем две сходные, но не совпадающие при наложении, структуры:

Заряженная:
И незаряженная:
Наложение (малиновым выделена заряженная структура):

Тиминовый димер

При заряде системы 0 (и энергии -3273.58217 эВ):
При заряде системы +2 (и энергии -3253.90755 эВ):
И снова 0 (энергия -3273.69464 эВ):

Переход в начальное состояние энергетически невыгоден, поэтому не произошел.