Различные способы контроля температуры в GROMACS

Файлы для этого практикума были получены с помощью скрипта .
Сначала с помощью разных алгоритмов мы получили pdb-структуры молекулы этана:

метод Берендсена

метод Нуза-Хувера

метод "Velocity rescale"

метод Андерсена

метод стохастической мол. динамики

Далее требуется рассчитать значения потенциальной и кинетической энергии связи для каждой из 5 систем. GROMACS предложит таблицу, из которой нужно
выбрать нужные величины для расчета. Порядок действий: потенциальная энергия - 10 -> Enter-> кинетическая энергия (11)
-> 0 (показать, что выбирать мы закончили.

Полученные файлы со значениями энергии:

Графики в Gnuplot:

Рассмотрим длины связи распределение длинны связи С-С:

Графики в Gnuplot:

метод Берендсена

метод Нуза-Хувера

метод Андерсена

метод стохастической молекулярной динамики

метод "Velocity rescale"