Занятие 3:рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема
Cедьмой семестр
Таблица гомологов
- a.В чем состоит главный биологический результат статьи? Авторы сравнивали гомологичные левансахаразы двух организмов: Gluconacetobacter diazotrophicus и Bacillus subtilis . Определили структуру первой - пятилопастной бета-пропеллер. Каталитические остатки двух гомоогов идеально наложились друг на друга. Сайт связывания ионов кальция из белка Bacillus subtilis эквивалентен мостику Cys339-Cys395 в Gluconacetobacter diazotrophicus .
- b.Какое разрешение структуры? 2.5 ангстрем.
- c.Каким методом решена фазовая проблема? Сравнением с гомологом
- d.Сколько структурных факторов измерено и сколько (число, процент) имеют силу сигнала более 3.0
- e.Чему равны R-фактор и R-free фактор R: 19.6%(Rcryst); 24.9% - Rfree.
(Rfree) (
- f.Источники: статья, PDB файл, EDS - "Crystal structure of levansucrase from the Gram-negative bacterium
Gluconacetobacter diazotrophicus" - Martinez-Fleites et al, 2005. PDB - файл. Файл с электронной плотностью, скаченный с EDS.
Выравнивание последовательности из pdb-файла и полной последовательности. Как видим, начало последовательности не было расшифровано рентгеноструктурным анализом, но в остальном последовательности идентичны.