К-субъединица НАДН:хинон-оксидоредуктазы 1 типа (NDH-1)
Для своей бактерии Methylovorus glucosetrophus SIP3-4 с помощью запроса (taxonomy_id:582744) (при таком поиске было получено 2908 находок) я выбрала белок:
К-субъединицу НАДН:хинон-оксидоредуктазы 1 типа (NDH-1)(NADH-quinone oxidoreductase subunit K)(ID: NUOK_METGS, AC: C6XAJ7),
так как среди прочих он аннотирован на 3/5 и даже reviewed, в UniRef90_C6XAJ7 есть хотя бы
один белок, а также присутствует реакция, которую он катализирует.
Катализируемая рекция
NDH-1 переносит электроны от NADH через FMN и железосернистые центры (Fe-S)
к хинонам в дыхательной цепи. Считается, что непосредственным акцептором
электронов для фермента этого вида является убихинон. Сохраняет
окислительно-восстановительную энергию в протонном градиенте: на каждые
два перенесенных электрона четыре иона водорода перемещаются через
цитоплазматическую мембрану.
Анализ кластеров
При анализе кластеров, в которые входит этот белок, становится понятным,
что он очень недкий, так как в UniRef100 присутствует только один белок - это он сам.
В UniRef90 всего два белка, а в UniRef50 1999. Складывается впечатление, что
есть класс ферментов НАДН:хинон-оксидоредуктаз, которых очень много, а наша -
очень сильно видоизмененная версия, относительно среднестатистического белка этого класса.
Поисковые запросы
Я решила найти сколько ферментов класса 1.6.5.2 (NAD(P)H dehydrogenase (quinone))
известно для бактерий из порядка Methylophilaceae (запрос: (ec_exact:1.6.5.2) AND (taxonomy_id:32011).
После нахождения 23 результатов решила посмотреть какую длину они имеют.
Разброс оказался небольшой от 196 до 208.
Для рода Methylovorus я решила исследовать длины белков.
(taxonomy_id:81682) AND (length:[1000 TO 2000]) - 89
(taxonomy_id:81682) AND (length:[500 TO 1000]) - 669
(taxonomy_id:81682) AND (length:[400 TO 500]) - 610
(taxonomy_id:81682) AND (length:[300 TO 400]) - 919
(taxonomy_id:81682) AND (length:[200 TO 300]) - 1173
(taxonomy_id:81682) AND (length:[100 TO 200]) - 1286
(taxonomy_id:81682) AND (length:[0 TO 100]) - 484
Отдельно посчитала сколько белков почти той же длины, что и наш:
(taxonomy_id:81682) AND (length:[95 TO 105]) - 123
Диаграмма распределения количества белков разной длины
