С помощью PyMol я открыла структуры В-формы ДНК, которые были получены экспериментальным путем (слева)
и с помощью моделирования (справа). Модель выглядит более симметричной и не имеет "изъянов", в то время как
экспериментально полученная структура немного "помята", то есть остов имеет некоторые перегибы. Тем не менее,
не обеих структурах мы можем найти большую бороздку (1) и малую (2).
Рис 1. Слева экспериментально полученная структура, справа - модель.
Рис 2. Ориентация основания в ДНК
Относительно выбранного основания малая бороздка находится сверху, а большая - снизу.
В сторону большой бороздки обращены атомы:c18.c6, c18.n6, c18.c5, c18.n7
В сторону малой бороздки обращены атомы: c18.c2, c18.n3
Так случайно вышло, что я не знала, что есть список с выданными нуклеотидами и взяла случайный, простите, пожалуйста....
Рис 3. Основание аденин. Атомы, обозначенные красным цветом обращены в сторону большой
бороздки, а синим - малой.
Рис 4. A-форма
Рис 5. B-форма
Рис 6. Z-форма
Таблица. Характеристики форм ДНК
Форма ДНК
A-форма
B-форма
Z-форма
Тип спирали
правая
правая
левая
Шаг спирали
28,5
33,7
43,0
Число оснований на виток
12
11
13
Ширина большой бороздки
BG`13 + AG`5 = 15,2
BT`20 + AG`2 = 17,3
BC`16 + AC`6 = 14,7
Ширина малой бороздки
BC`4 + AG`5 = 11,2
AG`10 + BT`19 = 8,9
AC`10 + BG`15 = 9,9
find_pair -t 1n77_old.pdb stdout | analyze
Рис 7. Получившиеся файлы
Рис 8. Торсионные углы тРНК (1N77)
Рис 9. Стебли, встречающиеся в тРНК (1N77).
1-7: G501-A507 - C572-U56610-13: G551-U554 - C563-A55815-21: A538-A544 - C532-G52622-25: G510-U513 - C525-G52237-41: G549-G553 - C565-C561Рис 10. Неканонические пары оснований.Рис 11. Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие
ее третичную структуру (комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям).
