Корова!
Сегодня в моей жизни случилось открытие! Оказывается, корова - это отелившаяся самка
домашнего быка...
Цитата из Википедии, так как сказать лучше нельзя: "Прежде чем стать коровой, самка быка
является тёлкой (до первого оплодотворения), после оплодотворения до первых родов она
называется нетелью."
У этого животного 29 пар аутосом и две половые хромосомы. Итого: 60 штук.
Соответственно для поиска использовался запрос латинским названием Bos taurus taurus,
однако я подготовилась заранее и нашла на английском "Cattle".
NCBI выдал мне 13 результатов поиска. Из них 10 собраны на хромосомном уровне.
Я выбрала сборку ARS-UCD2.0 она является референсной, то есть ее отобрали вручную
специалисты, чтобы в дальнейшем с ней можно было сравнивать остальные.
Сборка сделана на уровне хромосом, то есть мы не знаем сколько точно хромосом полностью
собраны (минимум одна), а также это может быть полный геном, но содержащий гэпы между
контигами или скафолдами.
| GenBank | GCA_002263795.4 |
| NCBI RefSeq | GCF_002263795.3 |
| Total ungapped length | 2.8 Gb |
| Number of scaffolds | 1957 |
| Scaffold N50 | 103.3 Mb |
| Scaffold L50 | 12 |
| Number of contigs | 2343 |
| Contig N50 | 26.4 Mb |
| Contig L50 | 32 |
Всего контигов в сборке 2343, а уже в 32 мы можем увидеть начало второй половины генома, его
длина составляет 26,4 Mb. Из этого делаем вывод, что первые 32 контига достаточно длинные, а
всего их 2343, так как большая часть из них очень короткая. Чем меньше L50, тем лучше сборка,
так как мы не из маленьких кусочкаов все стыкуем, а из длинных - вероятность ошибки меньше.
Аналогично для скафолдов. Там их имло, покрывающих половину генома всего 12, что
свидетельствует о хорошем качестве сборки.
Ссылки на скачанные файлы я вставлять не стала, так как они слишком много места займут на кодомо:(