Белок является ингибитором клеточного деления, который блокирует образование полярных Z-кольцевых перегородок.
Относится к Escherichia coli.
На BLAST NCBI я запустила программу PSI-BLAST по банку Swiss-Prot, результаты итераций смотрите ниже в таблице:
№ итерации
Число находок выше порога
Идентификатор худшей находки выше порога
E-value этой находки
Идентификатор лучшей находки ниже порога
E-value этой находки
1
165
Q7V5B7.1
0.004
A7GTC9.1
0.005
2
189
A7H8E6.1
0.004
-
-
3
194
Q1GZ36.1
0.004
A3CZM9.1
0.007
4
500
Q8D301.1
2e-04
-
-
5
500
Q0BXE2.1
6e-45
-
-
6
500
Q0BXE2.1
6e-45
-
-
Таблица. Результаты итераций PSI-BLAST.
Могу сказать, что начиная с четвертой итерации пошло все не по плану и добавилось очень много новых белков, которые точно не относятся к
моему семейству. Посмотрев по функциям белков, могу сказать: со второй итерации добавился один белок, который называется Translocate subunit SecA.
C него-то и начались непрестанные добавления, сначала понесногу, а затем (на 4 итерации) огромными пачками, что в итоге и устаканилось. Соответственно,
мы алгоритм нашел 188 нужных нам белков, один раз ошибся, переделал матрицу, под измененную подошли 5 белочков новых, а потом матрица снова перестроилась,
веса увеличились и мы нашли кучу ненужных нам белков из другого семейства.
Большое спасибо за прочтение моего практикума! Хорошего Вам настроения!