Описание домена

Семейство NACHT_sigma (PF17106)

Последовательностей в Seed - 33, всего - 180

Доменных архитектур - 36

Из них выбрал G9MXQ8_HYPVG (66 последовательностей) и F9G5Y8_FUSOF (33 последовательности)

Трехмерных структур в данном семействе, в целом, нет, так что и в выбранных архитектурах их число равно 0

180 всех белков относятся к Царству Fungi (100), а остальные (80) - к неклассифицированным эукариотам. При этом из первых 97 относятся к Ascomycota, 1 - к Basidiomycota, а 2 без дальнейшей классификации.

HMM создана в феврале 2015, позиций 42

Карта Dot Plot

Карта Dot Plot при E-value=0,05
Карта Dot Plot при выравнивани с пороговым значением E-value равным 0.05

Судя по карте, по большей части состоящей из участков сходства последовательностей. Где-то на 357 позиции*, видимо, произошла делеция, что дополнительно подтверждается, например, выравниванием в Jalview.

Сравнение доменов

Для сравнения возьму первые две группы, полученные в Jalview. Разберем отличающиеся аминокислоты: Во второй группе на 4 позиции преобладает серин, тогда как в первой выраженную общую аминокислоту выделить не удалось. Обратная ситуация на позиции 15 с фенилаланином, который является общим для большинства последовательностей первой группы, но встречается только в части последовательностей, входящих во второй домен. Аспарагин на 16 позиции характерен для всех последовательностей второй группы, F на 41, . Ну и, в целом, большей частотой обладают AP (17-18), N (31), F (35), P (36), A (39), G (43), V (45).

Касательно центрального консервативного участка этих двух блуков (где-то с 21 до 30) есть ряд изменений: глицин на 21 становится хараткерным для всех последовательностей во втором блоке по сравнению с некоторой частотой в первом, глутамин на 23 из первого блока, в основном, заменяется на валин и изолейцин. 25 N заменяется на K и др., 26 N заменяется на S.

В остальных группах наблюдаются такие же точечные замены. Например, в одной группе (бирюзового цвета) на 32 позиции консервативным становится положение изолейцина. Где-то ранее окрашенные Percentage Identity светло аминокислоты становится темными (например, в 3-й сверху группе F 4). И т.д.

Ссылка на таблицу