| Название белка | ID 1 | ID 2 | Score | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NAD-dependent protein deacylase | NPD_ECOLI | NPD_BACSU | 274 | 27,3 | 38,5 | 82 | 11 |
| Probable GTP-binding protein EngB | ENGB_ECOLI | ENGB_BACSU | 312,5 | 33,3 | 53,3 | 15 | 4 |
| tRNA-specific adenosine deaminase | TADA_ECOLI | TADA_BACSU | 332,5 | 41,9 | 61,1 | 6 | 2 |
| Название белка | ID 1 | ID 2 | Score | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NAD-dependent protein deacylase | NPD_ECOLI | NPD_BACSU | 283,5 | 32,4 | 45,8 | 33 | 9 | 84,6 | 96 |
| Probable GTP-binding protein EngB | ENGB_ECOLI | ENGB_BACSU | 317 | 38,1 | 59,1 | 1 | 1 | 86,2 | 92,3 |
| tRNA-specific adenosine deaminase | TADA_ECOLI | TADA_BACSU | 337 | 44,4 | 64,1 | 0 | 0 | 91,6 | 95,03 |
| Программа | Название белка 1 | Название белка 2 | ID 1 | ID 2 | Score | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | HTH-type transcriptional regulator IlvY | Protein usd | ILVY_ECOLI | USD_BACSU | 9,5 | 3,7 | 6,1 | 261 | 5 | -- | -- |
| water | HTH-type transcriptional regulator IlvY | Protein usd | ILVY_ECOLI | USD_BACSU | 20 | 38,5 | 53,8 | 0 | 0 | 4,4 | 36,1 |
Из выравнивания двух случайных белков без общей мнемоники функции видно, что они мало похожи. Общий результат (Score) в обоих случаях невелик. В локальном выравнивании идентичность и схожесть, в целом, не такие низкие, но из покрытия видно, что это участок, который является лишь совсем малой частью первого белка. То есть нужно смотреть на полученные результаты, конечно, в совокупности.
Для множественного выравнивания я решил выбрать мнемонику функции TADA. Всего таких белков оказалось 25.
Выбрал следующие TADA_:ARATH, ECOL6, HAEIN, STRP6, BUCAI. ARATH - это Arabidopsis thaliana, единственное растение в полученном списке ID, поэтому я решил включить его в список, чтобы посмотреть, есть ли хоть что-то схожее. ECOL6 должен был быть близок к ECOLI, поэтому я добавил, чтобы сравнить с близким организмом. А остальные выбрал рандомно. Выравнивал с помощью JalviewВ первом выравнивании с белком растения вышло как-то не очень. Белок слишком отличается по длине, поэтому индели слишком длинные, хотя на некотором участке выравнивание показало какие-то консервативные участки. Но, считаю, что выравнивание с белком растения имеет не очень много смысла, поэтому сделал другое
Ссылка на другое выравнивание
Думаю, что все остальные белки гомологичны. У TADA_BUCAI есть некоторые несовпадения в консервативных участках (например, на участке 131-141 или единичные на 36, 89, 162), но, думаю, этого недостаточно, чтобы говорить о его негомологичности к остальным. Аналогично, у STRP6.