Выравнивание нкулеотидных последовательностей

Были получены карты Dot Plot для следующих организмов: Thermus thermophilus N-1 и Thermus thermophilus HB27

Поиск осуществлен на NCBI в базе Nuclotide по роду Thermus и наличием записи в RefSeq. Качество сборок - Complete genome. Для удобства работы с выдачей отсортировал ее по длинам последовательности, чтобы отсеять какие-то отдельные кусочки генома

Выравнивание по алгоритму megablast Выравнивание по алгоритму megablast
Рис 1.Карты Dot PLot: алгоритм megablast (слева) и blastn (справа)

Что видно на DotPlot

На карте megablast видно крупный участок инверсии (синий цвет) и отдельные небольшие делеции (красный), так же присутствующие и в инвертированном участке.

Принципиально новых "интересных" участков метод blastn не обнаружил, однако карта наполнилась большим количеством отдельных точек, что закономерно, так как blastn работает с меньшей длиной слова. Но, что интересно, одна из делеций, обнаруженная megablast, "закупорилась" в выдаче blastn (вторая справа красная стрелочка)