Сборка de novo

trimmomatic

Вес файла до очистки: 174262033

Вес файла после очистки: 162017494

Число чтений до: 7511529

Число чтений после: 7053346

Доля адаптеров: 2.04%

velvetg

N50: 65554

ТОП-3 длин (покрытие): 111962 (38,66), 107488 (34,17), 80939 (37,52)

Есть при этом и монстр-контиг с покрытием 266951.00. При этом вошел в него всего 1 k-мер. Вероятно, это очень часто встречающийся участок

Выравнивание с банковской хромосомой

node_8_length_111962_cov_38.660198

Рис. 1 Слева: расположение выравненных участков контига (красный) на хромосоме (зеленый). Справа: карта DotPlot

node_6_length_107488_cov_34.174030

Рис. 2 Слева: расположение выравненных участков контига (красный) на хромосоме (зеленый). Справ а: карта DotPlot

node_10_length_80939_cov_37.524174

Рис. 3 Слева: расположение выравненных участков контига (красный) на хромосоме (зеленый). Справа: карта DotPlot

На каждой карте из интересного только негомологичные участки (разрывы на карте), последний контиг оказался инвертирован по отношению к хромосоме