тРНК с белком

Участок структуры	Позиции в структуре (FP)	Предсказание einverted	Предсказание по Зукеру
Акцепторный стебель	501-507 -- 566-572	1-9 -- 23-31	1-7 -- 66-72
D-стебель	510-514 -- 521-525	*****	9-13 -- 22-26
Т-стебель	549-553 -- 561-565	*****	49-53 -- 61-65
Антикодоновый стебель	538-544 -- 526-532	34-48 -- 55-69	27-31 -- 39-43
Общее число канонических пар оснований	20	17	20

В результате получилось, что программа einverted, хоть и определяла хоть как-то элементы одной из отрезков, образующих стебель, выбирала комплементарным не тот участок, так что предсказание с ее помощью вышло неправильным. алгоритм Зукера же во многом совпал с рассчитанной find_pair структурой, за исключением антикодоновго стебля. Соответсвенно, он показал себя как более точный инструмент для предсказания структуры, что в том числе дополняется и большим количеством канонический пар

Контакты атомов белка с...	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	14	70	84
остатками фосфорной кислоты	49	79	128
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	15	52	77
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

По результатам видно, что белок, образует наибольшее число связей с отсатками фосфорной кислоты. В малой бороздке контактов совсем не оказалось, а в большой их, наборот, достаточно много. Это следует из того факта, что в малой бороздке основания расположены менее доступно для окржающих вещств, тогда как в большой бороздке белку намного легче связаться с основаниями за счет их "выставленности". В целом, можно сделать вывод о том, что в связывании белка в компелксе ДНК-белок участвуют все элементы нуклеиновой кислоты - и сахар, и остатки фосфорной кислоты, и азотистые основания - причем вклад каждой из групп заметен и, надо полагать, играет важную роль

Работа в nucplot

В результате получилось, что больше всего контактов - 3 - образует аминокислота Arg 29.

Для распознования последовательности, видимо, наиболее важна аминокислоат Gln43, которая образует водородную связь непосредственно с цитозином.

*Программой nucplot было обнаружено 3 контакта, но без связи. Аналогично, Jmol никаких связей тут не находил, поэтому пришлось изменить некторые настройки типа максимального расстояния и угла, чтобы поймать некоторые водородные связи. Белой линией отмечен солевой мостик, который, как я понимаю, там должен был быть, но он тоже не определялся. О возможностях такого контакта написано вот тут.