Предсказание структуры белка

Мой белок - YFMI_BACSU.

OPM

Осуществил поиск с параметрами Type = transmembrane, Class = beta.
НазваниеToluene transporter TbuX/Транспортер толуола TbuX
PDB ID3BRY
Uniprot IDQ9RBW8_RALPI
Толщина белка в мембране25.4 Å
Координаты трансмембранных участков1(45-53),2(81-89),3(95-103),4(136-144),5(150-159),6(219-227),7(233-241),8(279-287),9(293-301),10(336-345),11(350-359),12(378-386),13(393-402)
Тип мембраныГрамм- наружняя
Рис. 1 Структура TbuX, взятая с сайтая БД OPM. Красным пунктиром обозначена положительно заряженная p-сторона, а синим - n-сторона, обращенная в периплазматическое пространство.

DeepTMHMM

Текстовая выдача доступна по ссылкам: АЛЬФА и БЕТА.

Рис. 2 Графическая выдача DeepTMHMM для выданного альфа-спирального белка (слева) и бета-листового белка (справа). По горизонтальным осям отложены позиции аминокислот белка. По вертикальным - вероятность существования предсказанного положения аминокислоты в некоторой позиции. Разным цветом обозначают разные положения: красный - в мембране, розовый - внутри клетки, голубой - вне клетки, зеленый - в периплазме, оранжевый - сигнальная последовательность.

Предсказание PPM 3.0

Параметры запуска:
Число мембран1
Тип мембраныГрамм+ внутр.
КривизнаРазрешена (почему бы и нет)
Положение N-концаВнутри (на основе предсказания DeepTMHMM)

Таблица по результатам работы PPM:
НазваниеUncharacterized MFS-type transporter YfmI/Неохарактеризованный транспортер основного суперсемейства фасилитаторов Yfmi
SW IDYFMI_BACSU
Толщина белка в мембране30.7+-1.2 Å
Координаты трансмембранных участков вторичной структуры1( 5- 27), 2( 41- 62), 3( 67- 89), 4( 99- 120), 5( 135- 158), 6( 163- 184), 7( 218- 239), 8( 253- 275), 9( 285- 303),10( 308- 329),11( 342- 367),12( 372- 393)
Тип мембраныГрам+
Рис. 3 Структура белка, предсказанная PPM 3.0

Сравнение результатов

Трансмембранные участки бета-белка были распознаны не очень хорошо, на мой взгляд. Что-то рядом с некоторыми регионами согласно OPM есть, но неточно, есть совсем неправильные. Ну и участков получилось 14, хотя должно было быть 13.

Предсказание для альфа-белка показалось мне более точным. Лишних предсказаний нет. В Uniprot (Рис. 4) большая часть стукртуры имеет высокий уровень предсказания, причем это именно трансмембранный участок. Свисающий, видимо, внутрь C-конец предсказан, наоборот, совсем плохо. Видимо, потому что у него нет там каких-то ограничивающих факторов, которые мог бы учесть AlphaFold, поэтому конкретное его расположение обладает невысокой вероятностью.

Рис. 4 Предсказанная структура белка YFMI_BACSU. Синий цвет соответсвует более точно предсказанному участку, оранжевый/желтый - менее