11 практикум (Множественное выравнивание. Эволюционные домены белков. Банк Pfam)

Ложкина Мария

Краткая характеристика домена PF00531

Краткая характеристика представлена в таблице 1.

Домен смерти (DD) — это белковый модуль, участвующий в гомотипических взаимодействиях и образовании олигомеров. Он играет ключевую роль в регуляции апоптоза и воспаления, а также участвует в сигнальных путях врождённого иммунитета.

Таблица 1. Краткая характеристика домена PF00531
Характеристика Информация
AC pfam PF00531
ID pfam Death domain
#SEED 50
#All 36466
#SW 125
#architectures 4076
#3D 68
Taxonomy 50881
#eukaryota 50867
#archaea 0
#bacteria 11

Описание выравнивания домена PF00531 (seed) с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Выравнивание было выполнено с помощью программы Mafft. Каждое окно выравнивания соответветствует пункту задания 3 (цифра – номер пункта).

Проект выравнивания: PF00531_pfam.jvp

Результаты представлены в таблице 2.

Таблица 2. Описание выравнивания домена PF00531 с точки зрения гомологичности всех последовательностей и их подмножества
Характеристика Информация
Выравнивание seed Число последовательностей: 50, число колонок в выравнивании seed: 142
Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) номера колонок: 78-81
100% консервативные колонки в МДБ-all Абсолютно консервативных колонок нет. На пороге identity threshold=85%: 30:[W](44 из 50); 78:[L](45 из 50); 107:[L](46 из 50); 111:[L](47 из 50)
Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. Номера колонок: 107 - 111. Номера последовательностей: от 1 до 43. В окне проекта представлены группы по консервативным позициям участка
100% консервативные колонки в МДБ-notAll 107:[L], 111:[L]
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. 112-142

Карта локального сходства (dotplot) последовательностей P51617 и P19438

Необходимая информация о двух последовательностях с одинаковым доменом PF00531, но с разными доменными архитектурами представлена в таблице 3.

Таблица 3. Две последовательности с разной доменной архитектурой, но одинаковым доменом
Характеристика Информация
Доменная архитектура 1 PF00531
Белок с архитектурой 1 P51617
Доменная архитектура 2 PF00020 - PF00020 - PF00531
Белок с архитектурой 2 P19438

К двум последовательностям была применена программа BLAST.

Текстовый формат выдачи программы: ex_3-alignment.txt

Количество находок: 1

Была построена карта локального сходства (dot plot) для этих двух последовательностей. результат представлен на рисунке 1.

Рис. 1
Рисунок 1. Карта локального сходства (dot plot) для последовательностей P51617 и P19438 с разной доменной архитектурой, но одним доменом PF00531

По карте локального сходства (рис. 1) видно, что выравнивание разделено на 3 части, соответствующие трем локальным выравниванием. Между ними промежутки, вызванные делециями или вставками.