Отчет по структуре 2CX1

Ложкина Мария

Структура в целом

Структура 2CX1 (рис. 1) соответствует белку APE0525, впервые выделенному из Aeropyrum pernix (раздел SOURCE в файле PDB).

В структуре присутствует 1 полимерная цепь А (строка chain: A в разделе COMPND). Последовательности в элементарной ячейке кристалла идентичные, на что указывает строка mol_id: 1 в разделе COMPND.

Биологическая единица состоит из 1 цепи, то есть белок APE0525 функционирует как мономер.

Отдельные цепи

Данная макромолекула относится к архее Aeropyrum pernix (полная таксономия). UniProt ID данной структуры – Q9YEQ6 (соответствует строке DBREF 2CX1 A 1 186 UNP Q9YEQ6 Q9YEQ6_AERPE 1 186).

• название цепи: Q9YEQ6_AERPE;
• функции:
  • молекулярная функция: связывание РНК , также отвечает за активность фактора инициации трансляции;
  • биологический процесс: формирование комплекса преинициации трансляции.

В структуре 2СХ1 есть мутации. Анализ PDB файла показал, что в последовательности присутствует 3 модифицированных остатка: 3 раза аминокислота метионин была заменена на селенометионин в позициях 1, 111, 140 соответственно. В PDB файле данной информации соответствует следующий раздел:

SEQADV 2CX1 HIS A    0  UNP  Q9YEQ6              EXPRESSION TAG                 
SEQADV 2CX1 MSE A    1  UNP  Q9YEQ6    MET     1 MODIFIED RESIDUE               
SEQADV 2CX1 MSE A  111  UNP  Q9YEQ6    MET   111 MODIFIED RESIDUE               
SEQADV 2CX1 MSE A  140  UNP  Q9YEQ6    MET   140 MODIFIED RESIDUE  
        

Файл с модифицированными аминокислотными остатками: 2CX1_modifies.txt.

Малые молекулы

В разделе small molecules присутствуют следующие записи:

• L(+)-Винная кислота. Полное наименование: L(+)-TARTARIC ACID, трехбуквенное наименование: TLA. Ссылка на страницу PDB: https://www.rcsb.org/ligand/TLA. Файл с TLA из PDB файла: 2CX1_TLA.txt.
• Селенометионин. Полное наименование: SELENOMETHIONINE, трехбуквенное наименование: MSE. Ссылка на страницу PDB: https://www.rcsb.org/ligand/MSE. Файл с MSE из PDB файла: 2CX1_MSE.txt