5 практикум (отчет по взаимодействиям в структуре 2CX1)

Ложкина Мария

Водородная связь между атомами остова белка

Применим команду

cmd.dist("2CX1_polar_conts","(2CX1) & bb.","(2CX1) & bb.",quiet=1,mode=2,label=0,reset=1);cmd.enable("2CX1_polar_conts")
    

Для примера приведены водородные связь между GLY`73 и TRP`70 (рис. 1).

Водородная связь между атомами боковых радикалов белка

Применим команду

cmd.dist("2CX1_polar_conts","(2CX1) & sc.","(2CX1) & sc.",quiet=1,mode=2,label=0,reset=1);cmd.enable("2CX1_polar_conts")
    

Для примера показаны водородные связи между ARG`15 и GLU`21 (рис. 2).

Солевой мостик

При использовании команды

cmd.distance("2CX1_salt_bridge","2CX1","same",reset=1,mode=10)
    

солевых мостиков не видно. Покажем положительно и отрицательно заряженные аминокислоты. Выкрасим положительно заряженные аминокислоты в зеленый, а отрицательно – в розовый.

select pos_charged, resn ARG+LYS+HIS
show sticks, pos_charged 
cmd.color_deep("chartreuse", 'pos_charged', 0)
    

select neg_charged, resn GLU+ASP
show sticks, neg_charged
cmd.color_deep("hotpink", 'neg_charged', 0)
    

Найдем минимальное расстояние:

distance min_distance, pos_charged, neg_charged, mode=2
    

Результат представлен на рис.3.

Дисульфидные связи

Сделаем выборку из всех цистеинов в структуре:

select cys_all, resn CYS
    

Измерим расстояние. В формате sticks видно, что дисульфидной связи нет (это также подтверждается расстоянием между атомами серы в этих цистеинах – 3,9А слишком большое расстояние для дисульфидной связи). Результат представлен на рис. 4.

Стекинги

Выберем все аминокислоты с ароматическим кольцом в радикале:

select circle, resn PHE or resn TYR or resn TRP
cmd.show("sticks"    ,"circle")
    

Результат представлен на рис. 5.