Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Нашли в таблице заданное описание локализации белка - хромосома (chromosome). На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, нашли наиболее подходящий термин GO:

• заданное описание локализации:
  хромосома
• выбранный термин GO и его идентификатор:
  chromosome ; GO:0005694
• название онтологии GO и его перевод на русский: cellular component - часть клетки а так же внеклеточная среда, в которой находятся продукты функционирования генов.
• определение термина (в переводе на русский): Русский: структура, состоящая из очень длинной молекулы ДНК ассоциированной с белками (например гистонами), и несущая наследственную информацию.
  (A structure composed of a very long molecule of DNA and associated proteins (e.g. histones) that carries hereditary information.)



Описание функции конкретного белка с помощью GOA

На главной страничке БД GOA ввели в поле запроса AC UniProt моего белка (P03007). Открылась страничка со списком всех терминов GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По данным этой странички опишите функцию Вашего белка в таблице следующего вида:

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	component	1	Живое содержимое клетки, все что внутри мембраны, не включая мембраны.
Зачем, для чего?	process	1 (ссылки 3)	Необходим для репликации ДНК, процесс при котором синтезируются новые ДНК. Матрицей может служить существующая молекула ДНК или РНК.
Молекулярный механизм?	function	6	Обладает ДНК-направленной ДНК-полимеразной активностью, проводит синтез ДНК из дезоксирибонуклеотидтрифосфатов в уже существующуюДНК или праймер, , экзонуклеазной активностью, катализирует гидролиз связей от 3' -5' концу путем отщепления нуклеотидов, нуклеотидилтрансферазной активностью (катализирует транспорт нуклеотиднов к необходимым местам) и гидролазной активностью (катализирует гидролиз C-O, C-N, C-C связей).)
Специфичность?	function	5	Специфически связывает ион магния,селективное связывание ДНК (),селективное связывание с белком или белковым комплексом, комплексо из 2 или более белков, включая небелковые молекулы

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS) (2 балла)

Наша задача — оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков для человека (Homo sapiens). Как оказалось при выполнении пробного задания - идентификаторы GO записаны в поле DBxref_.
Протеом Homo sapiens Результаты поиска в UniProt, 27.03.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего	68683	(([uniprot-Species:Homo*] & [uniprot-Species:sapiens*]) | [uniprot-Species:Homo sapiens*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	14557	((([uniprot-Species:Homo*] & [uniprot-Species:sapiens*]) | [uniprot-Species:Homo sapiens*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:c:*]) & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]))
В том числе в хромосоме	35	((([uniprot-Species:Homo*] & [uniprot-Species:sapiens*]) | [uniprot-Species:Homo sapiens*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:0005694*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:c:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	1	((([uniprot-Species:Homo*] & [uniprot-Species:sapiens*]) | [uniprot-Species:Homo sapiens*]) & (((((((((((((((([uniprot-DBxref_:GO:0005694*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:c:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) ! [uniprot-DBxref_:IC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	1	((([uniprot-Species:Homo*] & [uniprot-Species:sapiens*]) | [uniprot-Species:Homo sapiens*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:0005694*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:c:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])))

 

©Метелев Михаил