На страничке Биоинформатического Центра Института Химический Исследований Университета Киото нашли ссылку на БД химических соединений и реакций. Провели поиск по названию вещества (использовались английские определения - glutamate и arginine). Картинки с формулами и идентификаторами приведены ниже.
L-Глутамат | L-Аргинин | |
Английское название(+синонимы) | L-Glutamate; L-Glutamic acid; L-Glutaminic acid | L-Arginine; (S)-2-Amino-5-guanidinovaleric acid |
Идентификатор | C00025 | C00062 |
Графическое изображение | ![]() | ![]() |
На главной странице нашли ссылку на таблицу-оглавление ("Table of contents"). В оглавлении нашли программу для раскрашивания объектов на метаболических картах. В поле запроса ввели полученные ранее идентификаторы, указав, что отметим их красным цветом. В результате мы получили список метаболических карт, в некоторых из них были оба вещества, а в некоторых только одно из них, мы выбрали для рассмотрения одну из четырех метаболических карт, в которой участвовали оба вещества. Посмотрели карту - оба вещества были отмечены красным.
Для заданного превращения (биосинтез аргинина из глутамата) нашли цепочку ферментативных реакций, в которой при помощи 5 стадий получалось то, что надо (выбирался кратчайший путь). Ферменты отметили желтым цветом. Вот файл в коттором содержится текст запроса по образцу, приведенному на страничке. В результате такого запроса получили изображение ферментативного пути (здесь приводится только участок этого пути, который относится к данному синтезу). Ниже приведено изображение этого участка:Этап |
Ферментативная реакция |
EC фермента |
1 | L-Glutamate 5-semialdehyde + NAD+ + H2O <=> L-Glutamate + NADH + H+ | 1.5.1.12 |
2 | L-Ornithine + 2-Oxoglutarate <=> L-Glutamate 5-semialdehyde + L-Glutamate | 2.6.1.13 |
3 | Carbamoyl phosphate + L-Ornithine <=> Orthophosphate + L-Citrulline | 2.1.3.3 |
Организм |
Возможно ли превращения глутамата в аргинин по данным KEGG ? (Да/нет) |
Краткое обоснование |
Homo sapiens | да | Для всех реакций существуют белки осуществляющие данные ферментативные реакции |
Escherichia coli | нет | Пропущен второй этап превращений (для него не найдено белка, выполняющего данное превращение) |
Pseudomonas aeruginosa PAO1 | да | пропущен тот же фермент, что и кишечной палочке, но существует альтернативный путь протекания синтеза, для которого все белки известны,хотя он и длиннее на 1 этап |
Methanococcus janaschii | нет | нет,или не открыто ни одного белка с данными ферментативными свойствами |
©Метелев Михаил