Дополнительные упражнения, GO

Описание связей между терминами в онтологиях GO

На главной страничке БД GOA ввели в поле запроса AC UniProt заданного белка (P03007) и получили список всех терминов GO, ассоциированых с этой записью. Затем отметили галочкой все термины и кнопку . В результате этого появилась страничка с изображением графа, показывающего связь между терминами. Для начала, разобрались собственно со структурой того, что перед нами. Количество записей ассоциированых с записью белка P03007 - 13 (естественно на графе они были приведены без повторений),причем 12 из них было покрашено в синий цвет, и лишь одна в зеленый, остальные же записи не относились к тем 13 и показывали связи. Сбоку было дано указание относительно раскраски записей и связей, их связывающих, а так же раскраски связей, черными отмечались связи типа "is a", а красным - связи типа "part of a" (этих связей значительно меньше, три из них:процесс, функция, компонент - части онтологии гена). Граф имеет пирамидальную структуру, по направлению вверх даются логически все более и более общие записи. На графе есть только одна связь типа "part of a", которая приведена ниже, довольно простой пример, пара клетка - часть клетки, различие в раскраске соединительных линий вполне осмыслено, так как черные линии обозачают частный случай, в отличие от красных, которые аналогичны фразе - "часть чего либо", часть клетки никак не может быть ее частным случаем:

Далее приводим пример конкретного термина, имеющего связи более, чем с 2-мя родительскими терминами две записи "biopolimer metabolic" и "nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process" являются родительскими для "DNA metabolic process" :

Более распространены были обатные множественные связи (от одной родительской записи отходит несколько связей), например, 2 вида каталитической активности: гидролазная и трансферазная: