Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Описание генома бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR

Idiomarina loihiensis – это глубоководная бактерия, живущая на периферии кратеров подводных вулканов в богатых кислородом холодных водах. Она способна выживать при температурах от 4 до 46^оС и солёности воды от 0,5 до 20% (NaCl). Была впервые обнаружена на глубине 1300 м у гидротермического кратера, подводный вулкан Loihi, Гаваи, откуда и пошло название: Idio – особенность, marina – морская, Loihiensis – по месту первого обнаружения первого представителя. Внешний вид бактерии представлен на рис.1 [1].

• Надцарство Prokaryota
• Царство Bacteria
• Группа Proteobacteria
• Класс Gammaproteobacteria
• Порярок Alteromonadales
• Семейство Idiomarinaceae
• Род Idiomarina
• Вид Loihiensis
• Штамм L2TR

Рис.1. Внешний вид Idiomarina loihiensis [2]

Геном бактерии Idiomarina loihiensis, штамм L2TR, состоит из одной хромосомы, т.е. из одной двухцепочечной кольцевой молекулы ДНК. Он описан в записи NC_006512.1 базы данных RefSeq. Длина генома – 2839318 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК. По данным из записи NC_006512.1, в геноме закодирован 2707 генов. Из них 2628 кодируют белки.

Описание оперона АТФ-синтазы в геноме Idiomarina loihiensis штамм L2TR

АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. α-субъединица АТФ-синтазы закодирована на комплементарной цепи, см. рис.2, на котором ее ген обозначен atpA.

Рис. 2. Окрестность гена atpA в геноме Idiomarina loihiensis штамм L2TR. Приведен участок хромосомы с координатами 2815000..2833000. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

На рис. 2 можно увидеть все со-направленные с atpA гены. Все со-направленные гены описаны также в таблице 1. Из таблицы следует, что возможный оперон включает 17 белков, из них 9 описаны как компоненты АТФ синтазы.

Таблица 1. Гены, предположительно, входящие в один оперон с геном atpA. Предыдущий и следующий гены расположены на прямой цепи (т.е. в ориентации +1), в таблицу они не включены

Номер гена	Координаты гена в геноме	Идентификатор гена	Продукты гена по данным NCBI	Перевод названия продукта
1	2831758..2832207	YP_157012.1	flavodoxin
2	2829469..2831364	YP_157011.1	tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification protein GidA
3	2828839..2829,459	YP_157010.1	16S rRNA methyltransferase GidB
4	2827999..2828790	YP_157009.1	Soj family ATPase
5	2827104..2827979	YP_157008.1	chromosome partitioning protein ParB	Разделяющий хромосомы белок ParB
6	2826548..2826934	YP_157007.1	ATP synthase F0F1 subunit I	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица I)
7	2825738..2826535	YP_157006.1	ATP synthase F0F1 subunit A	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица A)
8	2825416..2825673	YP_157005.1	ATP synthase F0F1 subunit C	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица C)
9	2824908..2825378	YP_157004.1	ATP synthase F0F1 subunit B	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица B)
10	2824357..2824890	YP_157003.1	ATP synthase F0F1 subunit delta	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица δ)
11	2822801..2824342	YP_157002.1	ATP synthase F0F1 subunit alpha	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица α)
12	2821883..2822746	YP_157001.1	ATP synthase F0F1 subunit gamma	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица γ)
13	2820455..2821840	YP_157000.1	ATP synthase F0F1 subunit beta	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица β)
14	2820021..2820437	YP_156999.1	ATP synthase F0F1 subunit epsilon	АТФ-синтаза FОF1 (субъединица ε)
15	2818531..2819901	YP_156998.1	N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase
16	2816695..2818527	YP_156997.1	glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
17	2815876..2816298	YP_156996.1	Cro/CI family transcriptional regulator-related protein

Источники:
[1] Idiomarina loihiensis sp. nov., a halophilic γ-Proteobacterium from the Lo'ihi submarine volcano, Hawai'I
[2] http://ijs.sgmjournals.org/content/53/6/1873/F1.expansion.html
К началу страницы