Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Структура белка sulfate transport protein CysZ (белка-переносчика сульфата CysZ) из генома бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR

С помощью программы Jmol можно рассматриавать химические структуры белков. Она написана на Java и получить ее бесплатный дистрибутив можно на официальном сайте. Программа работает с файлами формата .pdb. Многие структуры в данном формате можно найти на сайте Protein Data Bank. Структура белка CysZ представлнеа на рис. 1. А скрипт для получения данного изображения приведен ниже.

load 3TX3.pdb
background black
select *A
cpk 100
wireframe 100
cartoons
color cpk
select *B
cpk 130
color cpk
backbone 100
rotate z -113.83
rotate y 58.83
rotate z 98.97

Рис. 1. Структура белка sulfate transport protein CysZ.

В упомянутом выше файле так же содержится некоторая информация о белке CysZ:

TITLE CYSZ, A PUTATIVE SULFATE PERMEASE
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: UNCHARACTERIZED PROTEIN INVOLVED IN CYSTEINE BIOSYNTHESIS;
COMPND 3 CHAIN: A, B;
COMPND 4 ENGINEERED: YES
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
REMARK 2
REMARK 2 RESOLUTION. 2.30 ANGSTROMS.
HETNAM SO4 SULFATE ION
HETNAM CL CHLORIDE ION
HETNAM LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
FORMUL 3 SO4 O4 S 2-
FORMUL 4 CL 4(CL 1-)
FORMUL 6 LDA 15(C14 H31 N O)
FORMUL 23 HOH *152(H2 O)

Информация получена из файла 3TX3.pdb с помощью bash и команды
egrep '^SOURCE*ORGANISM_SCIENTIFIC|HETNAM|FORMUL|EXPDTA|TITLE|COMPND|REMARK   2' 3TX3.pdb > Kuznetsova_pr1.txt

Перевод этой информации:

Название структуры: CysZ, предполагаемый сульфат пермеазы
Информация о молекулах: белок, увеличивающий биосинтез цистеина, состоит из 2 спиралей, спроектирован
Метод: рентгеноструктурный
Разрешение: 2.3 ангстрема
Информация о малых молекулах: сульфат ион, хлорид ион, лауриловый диметиламина-N-оксид
Формулы малых молекул: 3 SO₄, 4 Cl, 6 LDA 15 C₁₄H₃₁HO, 23 HOH 153 H₂O

Сравнение биологической единицы данного белка (biological assembly) и ранее полученной модели (text file) предоставлено на рис.2. Нетрудно убедиться, что они одинаковы.

Рис. 2. Сравнение структур белка в формате Text file (справа) и Biological Assembly (слева).

К началу страницы