Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Sulfate ion в структуре белка CysZ (идентификатор PDB 3TX3)

У белка CysZ есть несколько видов лигандов: chloride ion, sulfate ion, lauryl dimethylamine-n-oxide, но сейчас пойдет речь о лиганде sulfate ion (сульфат-ион). Выделить все такие лиганды в белке можно, используя его идентификатор SO4. CysZ - белок-переносчик сульфата, поэтому логично предположить, что SO4 - объект действия белка, поэтому он и был выбран для рассмотрения. Всего один такой лиганд присутствует в CysZ. На рис. 1 показаны все лиганды белка CysZ и показано положение лиганда sulfate ion.

Рис. 1. Все лиганды белка CysZ и выделенный лиганд SO4.

Область контакта c лигандом (SO4) в структуре белка CysZ (идентификатор PDB 3TX3)

На рис. 2 показано предполагаемое расположение водородных связей (длина связи меньше 3.5А) между лигндом и белком CysZ.

Рис. 2. Область контакта белка и лиганда SO4 (слева - без остовной цепи, справа - с остовной цепью).

Скрипт для получения правого изображения на рис. 2 в программе Jmol можно увидеть здесь.