Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Работа в PsiBlast

Для того, чтобы выбрать случайную последовательность для работы, был написан следующий скрипт на Python:
>>> seq = ['Q47404', 'P18196', 'Q8RL96', 'Q8QLF5', 'Q04719', 'Q05121', 'Q3SXS7', 'Q9NXZ6', 'F1SRL9', 'Q246C0', 'Q1AHR3', 'Q3U7X3', 'Q9QCL4', 'Q65664', 'F6STE1']
>>> import random as random_number
>>> random_number.choice(seq)
Q04719

По данным Uniprot, это ME53 белок с массой 53 кДа из вируса Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV). Для данного белка последовательность полная, но существование белка лишь предсказано. Результаты работы с данной последовательностью представлены в таблице 1.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	62	NP_258295.1	0.000009	YP_001257085.1	0.01
2	84	AAB46504.1	0.01	WP_024160893.1	0.039
3	84	AAB46504.1	1*10-30	CDM28140.1	0.055
4	84	AAB46504.1	6*10-30	WP_009169989.1	0.14
5	84	AAB46504.1	2*10-30	XP_006195188.1	0.038
6	84	AAB46504.1	2*10-30	XP_006195188.1	0.038

После каждой итерации были исключены белки, не содержащих в названии me53, или же с явно отличной функцией. После получения двух идентичных (по таблице) результатов, база гомологов была сформирована. Графическое представление на рис. 1.

Рис. 1. Результат в виде таблицы счета выравниаваний.

Так же для этих белков было построено выравнивание. Скачать последовательности для выравнивания можно здесь. Проект в формате jar можно скачать здесь. Фрагмент выравнивания показан на рис. 2.

Рис. 2. Фрагмент выравнивания полученных гомологов.