Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Поиск по паттерну

Мотив - консервативный участок последовательностей. Cуществует два типа мотивов: мотив, свидетельствующий о гомологии последовательностей; мотив, свидетельствующий об общности функции или структуры белков.

Сильный паттерн - тот, с помощью которого находятся только гомологичные последовательности.
Слабый паттерн - тот, с помощью которого находятся все мотивы.

Работа была проведена с последовательностями из множественного выравнивания из раздела "Построение множественного выравнивания", с помощью сервиса Prosite. Скачать эти последовательности можно здесь.

Во всех последовательностях был найден так называемый "ATPASE_ALPHA_BETA " мотив. Из описания этого мотива на Prosite: АТФ -синтаза является компонентом цитоплазматической мембраны эубактерий, внутренней мембраны митохондрий и тилакоидной мембраны хлоропластов. На рис. 1 показан мотив, определённый в одной из последовательностей. На рис. 2 показан найденный Prosite фрагмент в программе Jalview, по нему и был построен паттерн.

Рис. 1. Домен, определённый в одной из последовательностей.

Рис. 2. Найденный Prosite фрагмент выделен черной рамкой.

Сильный мотив: P-A-[VI]-[DN]-[AVLI]-G-[VLKR]-S-V
Количество находок соответствующих мотиву - 5754 (из них в SwissProt - 322, в TrEMBL - 5432).

      Cлабый мотив: P-A-X(3)-G-X-S-V
Количество находок соответствующих мотиву - >11215 (из них в SwissProt - 1215, в TrEMBL - >10000).
Мотив был создан заменой варьирующей аминокислоты на любую аминокислоту. Из количества результатов можно сделать вывод, что мотив действительно очень слабый.

Проект в формате jar с выравниванием и фрагментом, по которому строился мотив можно скачать здесь.