Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Остовные водородные связи в структуре белка CysZ (идентификатор PDB 3TX3) из генома бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR

Водородные связи являются одним из основных механизмов поддержки вторичной структуры белка (α-спирали или β-складчатого листа). Рассмотрим водородные связи фрагмента α-спирали из белка CysZ.

Рис. 1. Одна из α-спиралей B-цепи белка CysZ.

Рис. 2. Образование водородной связи в α-спирали между лейцином и изолейционом.

Вторичная структура α-спирали белка держится за счет водородных связей. Их можно увидеть на рис. 2. Такие связи образуются с помощью обобщения атома водорода между двумя электроотрицательными элементами: азотом и кислородом главной (остовной) цепи. В рассмотренном случае донор — атом N лейцина 77, акцептор — атом О изолейцина 73.

Рассмотрим водородные связи фрагмента β-складчатого листа из белка KatA (идентификатор PDB 1GWE). Рис. 3. β-складчатого лист белка KatA (слева) и образование водородной связи в β-складчатого листа между серином и фенилаланином (справа).

Вторичная структура β-складчатого листа белка также держится за счет водородных связей. Их можно увидеть на рис. 3. В этом случае донор — атом N серина 65, акцептор — атом О фенилаланина 98.