Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Внутримолекулярные взаимодействия боковых цепей в структуре белка CysZ (идентификатор PDB 3TX3) из генома бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR

Первый вид внутримолекулярного взаимодействия - солевые мостики. Это полярная донорно-акцепторная связь между карбоксильной и аминогруппой в радикалах, также отвечающая за конформационную устойчивость белков. На рис. 1 показаны все мостики из белка CysZ, всего их три. На рис.2 рассмотрен подробнее один солевой мостик из белка CysZ. Длина этого мостика 2.89 ангстрема, в принципе, положительный заряд рассредоточен по всей гуанидиновой группе аргинина, поэтому другие атомы тоже можгу участвовать в солевом мостике, связь на рисунке представлена как наглядный пример.

    Рис. 1. Солевые мостики в структуре белка CysZ.                      Рис. 2. Солевой мостик в белке CysZ
                                                                                                       между аргинином и аспарагиновой кислотой.

Изображение, представленое на рис.1 получено с помощью следующего скрипта в программе Jmol:

load 3TX3.pdb // загружаем файл
wireframe 10
restrict backbone
color white
cpk off // избавляемся от лишнего
select within(GROUP,within(3.5, asp*.od?) and arg*.nh?) or within(GROUP,within(3.5, arg*.nh?) and asp*.od?)
wireframe 200
color cpk
select within(GROUP,within(3.5, glu*.oe?) and lys*.nz) or within(GROUP,within(3.5, lys*.nz) and glu*.oe?)
wireframe 200
color cpk
select within(GROUP,within(3.5, glu*.oe?) and arg*.nh?) or within(GROUP,within(3.5, arg*.nh?) and glu*.oe?)
wireframe 200
color cpk
select within(GROUP,within(3.5, asp*.od?) and lys*.nz) or within(GROUP,within(3.5, lys*.nz) and asp*.od?)
wireframe 200
color cpk
select within(GROUP,within(3.5, asp*.od?) and arg*.ne) or within(GROUP,within(3.5, arg*.ne) and asp*.od?)
wireframe 200
color cpk
select within(GROUP,within(3.5, glu*.oe?) and arg*.ne) or within(GROUP,within(3.5, arg*.ne) and glu*.oe?)
wireframe 200
color cpk // ищем солевые мостики и выделяем их

Второй вид внутримолекулярного взаимодействия - водородные связи, не являющиеся солевыми мостиками. Одна из таких связей представлена на рис.3.

Рис. 3. Образование водородной связи между тирозином и гистидином.

Третий вид внутримолекулярного взаимодействия - дисульфидные мостики, которые образуются между молекулами цистеина. В CysZ нет таких связей, поэтому дисульфидный мостик, котрый можно увидеть на рис.4 - из белка Activin A/Bmp2 (идентификатор PDB 4MID).

Рис. 4. Дисульфидный мостик в структуре Bmp2 между двумя цистеинами.