Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Сравнение структуры белка 1TJP (tryptophan synthase) из генома бактерии Salmonella enterica и белка 2EKC в программе Jmol

Целью этого задания был поиск белка, похожего на выданный мне в библиотеке PDB, и сравнение структур по средствам Jmol. Но выданный мне белок не имеет подходящих структурных гомологов, поэтому работа проведена с белком, имеющим идентификатор 1TJP. Это белок триптофансинтазы из бактерии Salmonella enterica. Поиск проводился с помощью сервера PDBeFold. Всего похожих найдено было 1567 белков. 54 из них полностью совпадают с рассматриваемым белком, поэтому других белков - 1513 штук. Сравнение проведено с белком, имеющим идентификатор 2EKC. Это белок из бактерии Aquifex aeolicus. Эти две бактерии относятся к царству бактерий, но к разным типам. Salmonella enterica - Proteobacteria, Aquifex aeolicus - Aquificae. Из названия нельзя понять одинаковая ли функция у данных белков этих бактерий. На рис. 1 приведено частичное сравнение структур. Как видно из рисунка цепи практически совпадают. Цепь 1TJP:A - темно-голубая, 2EKC:A - светло-голубая. Подробнее о сравнении этих белков рассказано в таблице 1. Геометрическое ядро было выделено при помощи следующих команд:
select (239-255:A or 239-249:B) and (within(1.75, *A.CA)) and backbone and *B.CA
select (239-255:A or 239-249:B) and (within(1.75, *B.CA)) and backbone and *A.CA

Рис. 1. Сравнение структур белков 1TJP и 2EKC с помощью программы Jmol. Геометрическое ядро показано в шариковой модели.

Таблица 1. Сравнение белков 1TJP и 2EKC, с помощью PDBeFold.

##	RMSD	Nalign	Ng	%seq	Title
71	1.314	248	5	29	STRUCTURAL STUDY OF PROJECT ID AQ_1548 FROM AQUIFEX AEOLICUS VF5