Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Получение навыков работы в Uniprot

С помощью базы данных Uniprot и ID mapping для белка CysZ и его индентификатора YP_156085.1 (RefSeq) получен идентификатор Q5QUJ8_IDILO (UniProtKB AC). Для поиска ортологов CysZ использовался запрос name:"sulfate transport protein" AND taxonomy:Idiomarina (для составления запроса использовался Advanced Search, поля Protein name [DE] и Taxonomy [OC]). Данный запрос выдал 3 белка, были выбраны те, которые были точно переносчиками сульфата, они имеют идентификаторы R4VAG6_9GAMM и K2JLC0_9GAMM. Таблица сравнения изначального белка и ортологов находится здесь. Таблица составлялась с использованием пакета EMBOSS и подключения с помощью putty к удаленному серверу kodomo.

Укажите аминокислотный остаток (русское название, трехбуквенный код, номер в цепи), необходимый для выполнения белком своей функции:
Аргинин (Arg) 28 - не будет связываться сульфат.

Какие аминокислотные остатки (номер, трехбуквенный код, русское название) Вы бы стали мутировать, чтобы повлиять на структурную целостность Вашего белка?
Тирозин (Tyr) 128A, тирозин (Tyr) 29А, лейцин (Leu) 77B, лейцин (Leu) 222A и прочие аминокислоты гидрофобного кластера, если их заменить на гидрофильные - кластер распадется.

Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого?
Gly 25, Arg 27, Arg 28 участвуют в связывании сульфата.


Поэтапный поиск белков - компонентов АТФ синтазы, закодированных в геноме Idiomarina loihiensis штамм L2TR проиллюстрирован в таблице 1. В итоге нашлось 9 компонентов АТФ синтазы (рис. 1). Из них 8 входят в раздел Uniprot/Swissprot, они определяются из гомологии, а последний является предсказанным. Гены ко-локализованы, т.к. идут подряд, без промежутков.

Таблица 1. Запросы для поиска белков - компонент АТФ синтазы в Uniprot.

Также были найдены белки - компоненты АТФ синтазы, закодированные в геноме Idiomarina xiamenensis 10-D-4. Всего их 7 (рис. 2), ни один из них не входит в раздел Uniprot/Swissprot, они все определяются из гомологии. Не являются ко-локализованными.

Рис. 1. Верный запрос поиска белков - компонентов АТФ синтаз у Idiomarina loihiensis L2TR.

Рис. 1. Верный запрос поиска белков - компонентов АТФ синтаз у Idiomarina xiamenensis 10-D-4.

Целью последнего задания было нахождение 10 гомологов одной из субъединиц АТФ ситазы. Поиск проводился с помощью функции Blast (рис. 3). Файл, содержащий последовательности в формате .fasta можно скачать здесь.

Рис. 3. Верный запрос поиска гомологов субъединицы АТФ синтазы.