Учебный сайт Кузнецовой Марии

GENSCAN

В заданном фрагменте генома человека с помощью программы GeneScan были предсказаны следующие экзоны:

Таблица 1.Выдача GENSCAN.





Начало	Конец	Цепь	Тип
1157	1593	Внутренний	+
1699	1783	Внутренний	+
8843	8930	Внутренний	+
34135	34252	Внутренний	+
34813	34963	Внутренний	+
38185	38297	Конечный	+

Genome browser

Нашла свою последовательность в геноме человека. Ее координаты: chr13:108,921,000-108,959,700. С помощью Genome browser было получено графическое изображение выравнивания данного фрагмента генома человека с известными мРНК и EST (на рисунках ниже).

Рис. 1.Удержанный интрон.

Рис. 2.Кассетный экзон.

Чередующиеся экзоны, альтернативные донорные и акцепторные сайты сплайсинга в моей последовательности найдены не были.

BLASTX

Гипотетический белок

Координаты по белку	Координаты по ДНК	Уточненные координаты по белку	Уточненные координаты по ДНК
35	22870	28	22870
88	22706	81	22706

78	22664	71	22664
106	22572	99	22572

108	22455	100	22455
142	22351	136	22351

176	21845	169	21845
198	21777	191	21777

196	21696	189	21696
217	21631	215	21616

239	21478	225	21502
390	20936	383	20936

384	19876	365	19942
522	19460	511	19472

518	18590	511	18590
624	18282	618	18282

Range 1:
Query  22870  NFVVEALVKIKNALNDPRGALNNWDEDSVDPCSWAMITCSSDNLVTGLYVLPSSS  22706
              N  V+ALV IK ALNDP G LNNWDEDSVDPCSWAMITCS +NLV GL   PS S
Sbjct  28     NHEVDALVSIKRALNDPHGVLNNWDEDSVDPCSWAMITCSPENLVIGLGA-PSQS  81


Range 2:
Query  22664  LIFGFYRGAPSQGLSGKLSGMIANLTNLRQV  22572
              L+ G   GAPSQ LSG LSG I NLTNLRQV
Sbjct  71     LVIGL--GAPSQSLSGTLSGSIGNLTNLRQV  99


Range 3:
Query  22458  LLQNNNISSEIPPEIGVLPNLHTLDLSNNQFSGHMPE  22348
              LLQNNNIS  IPP++G LP L TLDLSNN+ SG +P 
Sbjct  100    LLQNNNISGGIPPQLGSLPKLQTLDLSNNRLSGVIPR  136


Range 4:
Query  21845  SFRDLSYNNLSGPVPKFPARTFK  21777
              +F DLSYNNLSGPVPKFPARTF 
Sbjct  169    AFLDLSYNNLSGPVPKFPARTFN  191


Range 5:
Query  21696  TCSIVGNSLICGSHSIEGCSGSAFPIP  21616
              T ++ GN LICGS S   CSGSA  +P
Sbjct  189    TFNVAGNPLICGSSSTNVCSGSANSVP  215


Range 6
Query  21502  GKPSSKKLAIALGVSLSFVSLILIVVGFLFRRRNRTKKQTILDIT  21323
              GK +SKKLAIALGVS    SLIL+  G ++ R+ R K  TIL+I 
Sbjct  225    GKHNSKKLAIALGVSFGVASLILLAFGLIWYRK-RQKNLTILNIG  268

Query  21322  DLQEEGLMSLGNLRIFTFRELQVATDNFSSKNILGAGGFGNVYKGK  21143
              D QEEGL+SLGNLR FTFRELQ AT+NFSSKNILGAGGFGNVYKGK
Sbjct  269    DKQEEGLISLGNLRNFTFRELQQATENFSSKNILGAGGFGNVYKGK  314

Query  21142  LGDSTMVAVKRLKDVIGTAGESQFRTELEMISLAVHRNLLRLTGYCATPNERLLVYPYMS  20963
              LGD T++AVKRLKDV GT GESQFRTELEMISLAVHRNLLRL GYCATP ERLLVYPYMS
Sbjct  315    LGDGTVLAVKRLKDVAGTFGESQFRTELEMISLAVHRNLLRLIGYCATPTERLLVYPYMS  374

Query  20962  NGSVASRLR  20936
              NGSVASRLR
Sbjct  375    NGSVASRLR  383


Range 7
Query  19942  EQCLWYGFLMNTSVVLIITEKPALDWNTRKRIAIGAARGLLYLHEQCDPK  19763
              E+ L Y ++ N SV   + EKPALDWNTRKRIAIGAARGLLYLHEQCDPK
Sbjct  365    ERLLVYPYMSNGSVASRLREKPALDWNTRKRIAIGAARGLLYLHEQCDPK  414

Query  19762  IIHRDVKAANILLDDFCEAVVGDFGLAKLLDHADSHVTTAVRGTVGHIAPEYLSTGQSSE  19583
              IIHRDVKAAN+LLDDFCEA+VGDFGLAKLLDH+DSHVTTAVRGTVGHIAPEYLSTGQSSE
Sbjct  415    IIHRDVKAANVLLDDFCEAIVGDFGLAKLLDHSDSHVTTAVRGTVGHIAPEYLSTGQSSE  474

Query  19582  KTDVFGFGILLLELITGMRALEFGKTVNQKGAMLEWV  19472
              KTDVFGFGILLLELITGMRALEFGK++NQKGAMLEWV
Sbjct  475    KTDVFGFGILLLELITGMRALEFGKSINQKGAMLEWV  511


Range 8
Query  18590  VRKVQQEKKVEQLVDRELGTNYDRIDVGEMLQVALLCTQYLPAHRPKMSEVVRMLEGDGL  18411
              V+K+QQEKKVE LVDRELG+NYDRI+VGE+LQVALLCTQYLP HRPKMSEVVRMLEGDGL
Sbjct  511    VKKIQQEKKVEVLVDRELGSNYDRIEVGEILQVALLCTQYLPVHRPKMSEVVRMLEGDGL  570

Query  18410  AEKWAASHNHHLNPTTNFF----LPLKSNPSMVPRHD--DDDDRLSMFG  18282
              AEKWAA+HN H NPT N F        S P+  P+HD  + +D+ SMFG
Sbjct  571    AEKWAAAHN-HTNPTMNNFHTNTKKSTSCPTSAPKHDHEEKNDQSSMFG  618

Белок YORE-YORE

Координаты по белку	Координаты по ДНК
16	93124
96	96363

93	96742
177	96981

173	98043
284	98270

249	99864
291	99992

289	101688
376	101951

376	102780
412	102890

431	103685
482	103894

482	104700
518	104810

519	105203
576	105376

576	106105
629	106266

Range 1:
Query  96124  VQYLIYGPFLAQVLYSRT-QEDSMKNNWCLHILIICFLRACMYQLWNSCSSMLFLNRNRR  96300
              ++YL+Y P  AQV+YS   +ED  K  WC+HILIIC L+A +++LW+  ++MLF+ R  R
Sbjct  16     LKYLLYAPLAAQVVYSWVYEEDISKVLWCIHILIICGLKALVHELWSVFNNMLFVTRTLR  75

Query  96301  ILEQGVDFKQIDKEWDW*LYI  96363
              I  +G+DFKQID EW W  YI
Sbjct  76     INPKGIDFKQIDHEWHWDNYI  96


Range 2:
Query  96742  DNFVILQALMASIACSIFP----FLSNLPLWDSRSLIVAIIFHMGVSEPIYYWAHKGFH-  96906
              DN++ILQA++ S+ C + P     +++LPLW+++ LI  I+ H+  SEP+YY+ H+ FH 
Sbjct  93     DNYIILQAIIVSLICYMSPPLMMMINSLPLWNTKGLIALIVLHVTFSEPLYYFLHRSFHR  152

Query  96907  GNYLFTHYHSFHHSSPVPQPFTGKD  96981
               NY FTHYHSFHHSSPVP P T  +
Sbjct  153    NNYFFTHYHSFHHSSPVPHPMTAGN  177


Range 3:
Query  98043  VAAGSVSFLEDIVLSGVIGIPLLGTCLIGCGSIYMIYGYVLMFDLMRCLGHCNVEIVPHQ  98222
              + AG+ + LE+I+L  V G+PL+G CL G GS+  IYGY +MFD MRCLGHCNVEI  H+
Sbjct  173    MTAGNATLLENIILCVVAGVPLIGCCLFGVGSLSAIYGYAVMFDFMRCLGHCNVEIFSHK  232

Query  98223  LFEKFPTLKYFLYTPT  98270
              LFE  P L+Y +YTPT
Sbjct  233    LFEILPVLRYLIYTPT  248


Range 4:
Query  99864  YHSLHHTEMDTNYCLFMPLYDALGNTLNSKSWELHKKNSSNSG  99992
              YHSLHH EM TN+CLFMPL+D LG+T N  SWEL KK   ++G
Sbjct  249    YHSLHHQEMGTNFCLFMPLFDVLGDTQNPNSWELQKKIRLSAG  291


Range 5:
Query  101688  NAGKNWRVPDFVFLAHVVDLTSALHSPFVFRSFSSTPFMTKIFLIPFLPIVFMVMLVMWA  101867
               +AG+  RVP+FVFLAH VD+ SA+H+PFVFRSF+S P+ T+IFL+P  P  F VML MWA
Sbjct  289     SAGERKRVPEFVFLAHGVDVMSAMHAPFVFRSFASMPYTTRIFLLPMWPFTFCVMLGMWA  348

Query  101868  KSKTFLFSFYGLRGRLHQTWVVPRFGFQ  101951
                SKTFLFSFY LR  L QTW VPRFGFQ
Sbjct  349     WSKTFLFSFYTLRNNLCQTWGVPRFGFQ  376


Range 6:
Query  102780  QYFLPFARDGINKQIEEAILRADRLGVKVLSLAALNK  102890
               QYFLPFA  GIN QIE AILRAD++GVKV+SLAALNK
Sbjct  376     QYFLPFATKGINDQIEAAILRADKIGVKVISLAALNK  412


Range 7:
Query  103685  NEALNGGGTLFVDKHPNLRVRVVHGNTLTAAVILNEIEEDVKEVFLTGATSKLGRAIALY  103864
               NEALNGGGTLFV+KHP+LRVRVVHGNTLTAAVIL EI +DV EVFLTGATSKLGRAIALY
Sbjct  413     NEALNGGGTLFVNKHPDLRVRVVHGNTLTAAVILYEIPKDVNEVFLTGATSKLGRAIALY  472

Query  103865  LSTRRVKVLV  103894
               L  R V+VL+
Sbjct  473     LCRRGVRVLM  482


Range 8: 
Query  104700  MLTISSERFQKIQKEVPTEFHKYLVQVTKYQAAKNCK  104810
               MLT+S ERFQKIQKE P EF   LVQVTKY AA++CK
Sbjct  482     MLTLSMERFQKIQKEAPVEFQNNLVQVTKYNAAQHCK  518


Range 9:
Query  105203  TWIVGKWITPREQSWAPPGAHFHQFVVPPILPFRRDCTYGDLAAMRLPDDVQGLGSCE  105376
               TWIVGKW+TPREQSWAP G HFHQFVVPPIL FRR+CTYGDLAAM+LP DV+GLG+CE
Sbjct  519     TWIVGKWLTPREQSWAPAGTHFHQFVVPPILKFRRNCTYGDLAAMKLPKDVEGLGTCE  576


Range 10
Query  106105  QYTMERgvvhachaggvvhSLEGWNHHEVGAIDVERIDLVWRAALKHGLKPVST  106266
               +YTMERGVVHACHAGGVVH LEGW HHEVGAIDV+RIDLVW AA+K+GL  VS+
Sbjct  576     EYTMERGVVHACHAGGVVHMLEGWKHHEVGAIDVDRIDLVWEAAMKYGLSAVSS  629

Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

GENSCAN

Genome browser

BLASTX