Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Картирование на хлоропласт и митохондрию

Скачала геномы хлоропласта и митохондрии резуховидки. Положила их в один фаста-файл. Откартировала на эти геномы очищенные чтения из предыдущего задания программои? BWA. С помощью программы samtools выясните, сколько чтений откартировалось на каждую органеллу. Выдача программы:

ENA|AP000423|AP000423.1 154478  650814  0
ENA|Y08501|Y08501.2     366924  71223   0
*       0       0       3037187

Видно, что на хлоропласт откартировалось больше. Среднее покрытие для хлоропласта 409,1731897, для митохондрии 18,63006031.

Использованные команды:

bwa index 1.fasta
bwa mem 1.fasta output.fastq > aln.sam
samtools view -bSh aln.sam > aln.bam
samtools sort aln.bam aln.sorted
samtools index aln.sorted.bam
samtools idxstats aln.sorted.bam
samtools depth aln.sorted.bam > aln_cover.txt