Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

С помощью программ samtools и bcftools получила список однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и инделей (то есть делеций и инсерций) для ридов, картированных на геномы хлоропласта и митохондрии из предыдущего задания. Ссылка на файл со списком. Инделей нашлось 308, а полиморфизмов 644. Использованные команды:

samtools mpileup -ugf 1.fasta aln.sorted.bam > 1.bcf
bcftools view -vcg 1.bcf > 1.vcf
grep 'INDEL;' 1.vcf | wc -l
grep 'DP=' 1.vcf | wc -l

Сборка хлоропласта и митохондрии

Собрала геномы хлоропласта и митохондрии из всех чтений своего набора (прошедших очистку) пакетом velvet. Для десяти самых длинных контигов составила таблицу: номер контига, длина контига, откуда эта последовательность.

Final graph has 715299 nodes and n50 of 141, max 4849, total 58721103, using 0/3758903 reads

По созданным датабазам был проведен локальный бласт контигов с геномами хлоропласта и митохондрии. Результаты ниже:

Геном	Номер	Длина
Хлоропласт	4321	5381
Митохондрия	18826	5314
Хлоропласт	65037	5210
Митохондрия	671	5154
Митохондрия	6535	5030
Митохондрия	10349	4838
Митохондрия	25297	4705
Митохондрия	46010	4697
Митохондрия	5504	4325
Митохондрия	18018	4281

# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_671_length_5154_cov_24.911718
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 3 hits found
NODE_671_length_5154_cov_24.911718	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	5184	0	0	1	5184	118736	113553	0.0	9574
NODE_671_length_5154_cov_24.911718	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	5184	0	0	1	5184	290991	296174	0.0	9574
NODE_671_length_5154_cov_24.911718	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	30	0	0	5155	5184	138257	138228	3e-08	56.5
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_4321_length_5381_cov_15.537818
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 3 hits found
NODE_4321_length_5381_cov_15.537818	ENA|Y08501|Y08501.2	99.94	5413	1	2	1	5411	341135	335723	0.0	9978
NODE_4321_length_5381_cov_15.537818	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	30	0	0	5382	5411	349868	349839	3e-08	56.5
NODE_4321_length_5381_cov_15.537818	ENA|AP000423|AP000423.1	92.21	77	5	1	3391	3466	52132	52056	7e-24	 108
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_5504_length_4325_cov_13.203931
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 2 hits found
NODE_5504_length_4325_cov_13.203931	ENA|Y08501|Y08501.2	99.89	4356	1	4	1	4355	12517	16869	0.0	8013
NODE_5504_length_4325_cov_13.203931	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	30	0	0	1	30	98738	98709	2e-08	56.5
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_6535_length_5030_cov_11.678529
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 2 hits found
NODE_6535_length_5030_cov_11.678529	ENA|Y08501|Y08501.2	99.96	5060	0	2	1	5060	209984	215041	0.0	9332
NODE_6535_length_5030_cov_11.678529	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	30	0	0	5031	5060	223487	223516	3e-08	56.5
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_10349_length_4838_cov_14.158950
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 2 hits found
NODE_10349_length_4838_cov_14.158950	ENA|Y08501|Y08501.2	99.94	4870	0	3	1	4868	308940	313808	0.0	8973
NODE_10349_length_4838_cov_14.158950	ENA|Y08501|Y08501.2	76.00	125	26	4	1	124	308871	308992	5e-10	62.1
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_18018_length_4281_cov_16.986452
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 2 hits found
NODE_18018_length_4281_cov_16.986452	ENA|Y08501|Y08501.2	99.26	4334	7	25	1	4311	98738	94407	0.0	7803
NODE_18018_length_4281_cov_16.986452	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	30	0	0	1	30	12517	12546	2e-08	56.5
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_18826_length_5314_cov_9.643583
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 1 hits found
NODE_18826_length_5314_cov_9.643583	ENA|Y08501|Y08501.2	99.98	5344	1	0	1	5344	162615	167958	0.0	9864
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_25297_length_4705_cov_15.044846
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 2 hits found
NODE_25297_length_4705_cov_15.044846	ENA|Y08501|Y08501.2	99.87	4737	4	2	1	4735	328381	323645	0.0	8713
NODE_25297_length_4705_cov_15.044846	ENA|Y08501|Y08501.2	100.00	30	0	0	1	30	267017	266988	2e-08	56.5
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_46010_length_4697_cov_12.152225
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 1 hits found
NODE_46010_length_4697_cov_12.152225	ENA|Y08501|Y08501.2	99.89	4732	0	4	1	4727	236943	232212	0.0	8706
# BLASTN 2.2.28+
# Query: NODE_65037_length_5210_cov_12.110941
# Database: 1.fasta
# Fields: query id, subject id, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score
# 2 hits found
NODE_65037_length_5210_cov_12.110941	ENA|Y08501|Y08501.2	99.75	5243	1	12	1	5240	259575	254342	0.0	9600
NODE_65037_length_5210_cov_12.110941	ENA|AP000423|AP000423.1	97.01	67	2	0	5174	5240	39553	39619	2e-25	 113
# BLAST processed 10 queries