Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Нуклеотидные банки данных

Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS

Cписок хромосом Saccharomyces cerevisiae

RefSeq_DNA (release)	Accession	Description	SeqLength
REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence.	230218
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence.	813184
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence.	316620
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence.	1531933
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence.	576874
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence.	270161
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence.	1090940
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence.	562643
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence.	439888
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence.	745751
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence.	666816
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence.	1078177
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence.	924431
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence.	784333
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence.	1091291
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence.	948066

Информация о данной хромосоме №9 (9 = 8 + 1)

Длина	Количество генов	Количество генов тРНК
439888	232	10

Примеры генов

	Ген	координаты (CDS)
ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов	VTH1	11492..16141
координаты (CDS)ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов	PAU14	complement(8793..9155)
ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон	RPL40A	join(68708..68715,69150..69528)
ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон	RPL16A	complement(join(98527..99095,99386..99416))

Получение последовательности, кодирующей заданный белок

С помощью команды entret uniprot:Q5QUJ8 получила запись о моем белке в банке данных. После этого выполнила команду entret embl:AE017340 и seqret -sask с координатами начала и конца гена (1833704..1834444, цепь прямая).

>AE017340 AE017340.1 Idiomarina loihiensis L2TR, complete genome.
atgcaaaaagcagcctacagcaactcgggattagcttacataggacgcggtttagaactt
atccgaaccaaaggtctgcgtcgctatgttgtggtgcctattctgaccaaccttatcctg
ttctcacttgctttcacctggctgtatggcgaagtcgactattggctgaaccgctttatg
agctggctgcccgactttttccaatggctggagtttattttatggccactggcggttatt
accattattgcgctcttctcgtttatttttagtaccatcatgcatttaattgcagcccct
tttaacggacttctggcggaaaaagtggaacgctatgaaagcggcgagagcttaggagac
gagggattcttaggtttgtttaaagacattccaaggactttaaaacgggaaatgcagaaa
ctcatgtattacattccccgagcacttggcttttttctgttatcgctcgttattccggta
attggacaggtcctttggtatatctttgtctgctggatgatgtcgatacaatacttagat
tacccgttcgataatcacaaactgtcgtttccgcgtatgcggtctgaattacaccaacag
cgcagtaaaacactagggtttggattcggggtaaccgtgctgactatgataccgctgatt
aacctgattattatgccgctggcggtttgtggagcaacctcactgtgggttgatcattat
cgtcgcagtgcattaagttga