Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По заданному 300-нуклеотидному фрагменту, используя программу megablast, выбрав нуклеотидный blast (blastn) и указав алгоритм "megablast", определила, какому организму принадлежит данный фрагмент. Он принадлежит Mycoplasma bovis, AC записи RefSeq - NC_014760.1, координаты данного фрагмента в записи - от 1145 до 1444, ничего не кодирует. Выравнивание ниже.

Score	Expect	Identities	Gaps	Strand
555 bits(300)	1e-153	300/300(100%)	0/300(0%)	Plus/Plus
Query  1     TGCTAAATACTACAAGCTTTCGCGTTCTGAAATACTAGGTAAAAGTAGAAGAAAAGATGT  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1145  TGCTAAATACTACAAGCTTTCGCGTTCTGAAATACTAGGTAAAAGTAGAAGAAAAGATGT  1204

Query  61    GGTTTTAGCTAGACATATAGCTATTTGAATTGTTAAAAAGCAATTAGACTTATCACTGGA  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1205  GGTTTTAGCTAGACATATAGCTATTTGAATTGTTAAAAAGCAATTAGACTTATCACTGGA  1264

Query  121   ACAAATTGGGAAGTTTTTTGGCAATAGAGACCACTCTACCATTATTAATGCTGTTAGAAA  180
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1265  ACAAATTGGGAAGTTTTTTGGCAATAGAGACCACTCTACCATTATTAATGCTGTTAGAAA  1324

Query  181   AATTGAGAAAGAAACAGAGCAATCTGATAGAACATTTAAGAGAACTATTTCTGAAATAAG  240
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1325  AATTGAGAAAGAAACAGAGCAATCTGATAGAACATTTAAGAGAACTATTTCTGAAATAAG  1384

Query  241   CAACGAGATTTTTAAGAAAAGTTAACATTTTAAAAAACATTTATAAACATAATGTTTTCT  300
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1385  CAACGAGATTTTTAAGAAAAGTTAACATTTTAAAAAACATTTATAAACATAATGTTTTCT  1444

Поиск гомолога белка человека в слоне

Для работы был выбран белок кератина I типа с идентификатором K1C9_HUMAN, с помощью сервиса ENA были найдены гомологи у африканского слона. Поставила галочку spliced translated nucleotide search. E-value лучшей находки 2E-128, длина - 418, identity - 56%, координаты - с 23403559 по 23384978, содержит три интрона. Выравнивание

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Нашла и вырезала в отдельный файл последовательность tRNA-Thr из генома заданной бактерии - Idiomarina loihiensis.

Провела поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к тому же порядку, что и моя - Alteromonadales. Указала в отчете число находок с e-value < 0,001. Поиск провела тремя разными вариантами: a) алгоритмом megablast; b) алгоритмом blastn с параметрами по умолчанию; c) алгоритмом blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 (максимально чувствительные параметры, доступные на сайте).

С помощью алгоритма megablast получила одиннадцать результатов. С помощью алгоритма blastn с параметрами по умолчанию получила двенадцать результатов. С помощью алгоритма blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 получила 12 результатов. Результаты различаются выравниваниями, количеством гэпов. По данным результатам можно сказать, что поиск с помощью megablast находит только самые близкие гомологи, а результаты программы blastn подходят для изучения значительно различающихся гомологов, а можно предположить, что есть некоторая доля случайных совпадений в процессе выравнивания.