Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Ссылки

Об авторе

Филогенетическое дерево

Целью занятия было поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Список бактерий, с которыми проведена работа приведен в таблице 1.

Таблица 1. Отобранные бактерии

Название	Мнемоника	Таксон
Bacillus subtilis	BACSU	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Clostridium tetani	CLOTE	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Enterococcus faecalis	ENTFA	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
Geobacillus kaustophilus	GEOKA	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
Lactobacillus delbrueckii	LACDA	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Lactococcus lactis	LACLM	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
Staphylococcus epidermidis	STAES	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pneumoniae	STRPN	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Далее было составлено филогенетическое дерево выбранных организмов. Изображение этого дерева представлено на рис. 1.
Скобочная формула этого дерева:
(((((STRPN,LACLM),ENTFA),LACDA),((BACSU,GEOKA),STAES)),CLOTE);

Так же нужно было перечислить все нетривиальные ветви:

{STRPN, LACLM} vs
{ENTFA, LACDA, STAES, BACSU, GEOKA, CLOTE}

{STRPN, LACLM, ENTFA} vs
{LACDA, STAES, BACSU, GEOKA, CLOTE}

{STRPN, LACLM, ENTFA, LACDA} vs
{STAES, BACSU, GEOKA, CLOTE}

{STRPN, LACLM, ENTFA, LACDA, CLOTE} vs
{STAES, BACSU, GEOKA}

{STRPN, LACLM, ENTFA, LACDA, STAES, CLOTE} vs
{BACSU, GEOKA}


Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных бактерий.

Далее было определено какая ветвь выделяет какой таксон:

{STRPN, LACLM} - Streptococcaceae
{STRPN, LACLM, ENTFA} - ветка внутри Lactobacillales
{STRPN, LACLM, ENTFA, LACDA} - Lactobacillales
{STAES, BACSU, GEOKA} - Bacillales
{BACSU, GEOKA} - Bacillaceae