Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

KEGG

Задания данного практикума выполнялись для реакции 3.6.1.6 метаболизма пиримидинов (запись KEGG). Графическое изображение этого метаболического пути с выделенной реакцией можно увидеть на рис. 1.

Рис. 1. Изображение метаболизма пиримидинов. Зелёным выделена реакция 3.6.1.6. Изображение получено с помощью базы данных KEGG.

Реакцию 3.6.1.6 катализируют три ортологических ряда белков: ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 5/6 (82 белка), soluble calcium-activated nucleotidase 1 (79 белков) и ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 (30 белков).

Я скачала последовательности этих белков из Uniprot, переименовала их и построила множественное выравнивание с помощью Muscle. Проект выравнивания - здесь.

Затем я проанализировала это выравнивание в программе MEGA методом Neighbor-Joining с 100 бутстреп-репликами. Получилось дерево, которое можно увидеть на рис. 2.

Рис. 2. Филогенетическое дерево белков, катализирующих реакцию 3.6.1.6. Получено с помощью программы MEGA (метод Neighbor-Joining с 100 бутстреп-репликами) на основе Muscle-выравнивания.

Три больших ветви дерева соответствуют трём ортологическим рядам (за исключением последовательности D3ZZW3_RAT, которая, видимо по ошибке попала в ветвь ряда K12304, но потом сразу отделилась от неё, если посмотреть, эта последовательность сильно выбивается из выравнивания и не гомологична даже своему ряду). Однако, в целом выравнивание последовательностей и дерево (в котором нет очень сильно выбивающихся последовательностей) позволяют предполагать гомологию этих трёх белков.