Учебный сайт Кузнецовой Марии
Укоренение в среднюю точку
В прошлом задании методом "Neighbor Joining Using % Identity", на основе выравнивания рибосомных белков S2 бактерий отдела Firmicutes, построенного при помощи Muscle, было реконструировано дерево, графическое представление которого можно увидеть на рис. 1.
Рис. 1. Филогенетическое дерево нескольких видов бактерий, построенное методом "Neighbor Joining Using % Identity" на основе выравнивания RF1 белков бактерий.
Изображение получено с помощью программы Jalview.
Это дерево было укоренено в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Использовалась команда "Midpoint root the tree". Полученное дерево было открыто программой
MEGA 6, сохранено в Newick-формате. Изображение получившегося укорененного дерева можно увидеть на рис. 2.
Рис. 2. Филогенетическое дерево нескольких видов бактерий, построенное методом "Neighbor Joining Using % Identity" на основе выравнивания RF1 белков бактерий и укорененное в
среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Изображение получено с помощью программы MEGA 6.
Дерево укоренилось в ветвь {ENTFA, LACDA, STAES, BACSU, GEOKA, STRPN, LACLM} vs {CLOTE}, что соответствует подтверждённому таксономией дереву из предыдущего практикума.
Это укоренение можно считать достоверным.
Дата последнего обновления: 15.09.2014
Copyright © Кузнецова Мария, 2013.